PLBD: 蛋白質(zhì)-配體結合數(shù)據(jù)庫

       PLBD包含描述蛋白質(zhì)-小分子化合物（配體）相互作用的熱力學和動力學數(shù)據(jù)。熱力學參數(shù)不僅包括親和力，還包括結合標準焓的變化。相互作用的化合物是多種多樣的，但通常通過藥效基團相關，該藥效基團控制與一系列高度相關的蛋白質(zhì)、同工酶或突變體的相互作用。PLBD主要研究兩類蛋白質(zhì)，人類Carbonic Anhydrase和熱休克蛋白。
       該數(shù)據(jù)庫旨在成為科學家尋找和存儲蛋白質(zhì)-配體相互作用的熱力學、動力學和結構參數(shù)的通用平臺。PLBD描述了與共晶結構結合的熱力學參數(shù)，這將有助于用于治療目的的新型化合物的計算機設計。
       https://plbd.org/db/

       從數(shù)據(jù)庫結構上講，PLBD由數(shù)據(jù)表（樣本、實驗和其他）和視圖組成。視圖顯示從主數(shù)據(jù)表派生的計算參數(shù)和其他信息。如下圖所示，箭頭表示結構數(shù)據(jù)單元之間信息交換的方向。

• Protein- Compound

       第一組表格描述了化合物和重組蛋白。關于蛋白質(zhì)和化合物的信息在與其對應批次的單獨表格中列出

       點擊“Protein”跳轉(zhuǎn)至詳情頁，展示包括蛋白ID、來源樣本、蛋白氨基酸序列在內(nèi)的信息：

       點擊“Protein label”跳轉(zhuǎn)至特定蛋白詳情頁：

• Experimental

       實驗表以多對一的方式與批次表相關，批次表也與蛋白質(zhì)和化合物表呈多對一關系，這意味著每個結合實驗將與單個批次的蛋白質(zhì)和配體相關。

       點擊實驗中的任意一項實驗，跳轉(zhuǎn)至詳情頁：

• intrinsic parameters

       這組表格包含蛋白質(zhì)與化合物（配體）相互作用的熱力學和動力學數(shù)據(jù)。

       根據(jù)用于確定特定相互作用的技術，實驗測量的參數(shù)列在單獨的表格中：TSA、ITC、SFA和SPR。除此之外，數(shù)據(jù)庫還包含蛋白質(zhì)和配體質(zhì)子化參數(shù)表（pKa和?Ha）。