單細胞測序只能從 cDNA 模板的一端產(chǎn)生短讀長數(shù)據(jù)，從而限制了序列完整性的重建。單細胞全長轉(zhuǎn)錄組測序利用Nanopore長讀長實時測序技術(shù)結(jié)合10X單細胞測序技術(shù)可以直接讀取帶有細胞標(biāo)簽的全長cDNA序列。此方法獲取單個細胞中所有ployA⁺ RNA分子的全長序列，從而識別各種細胞亞型中可變剪切轉(zhuǎn)錄本（isoform）類型及豐度。

實驗流程

研究案例
High throughput error corrected Nanopore single cell transcriptome sequencing （Nat Commun，IF: 16.6  Q1）
       基于液滴的高通量單細胞分離技術(shù)極大地提高了單細胞轉(zhuǎn)錄組分析實驗的通量。然而，但基于短讀測序只能分析轉(zhuǎn)錄本的一個末端序列。本研究介紹了一種結(jié)合牛津納米孔測序和獨特的分子標(biāo)識符的方法，通過10xGenomics單細胞分離系統(tǒng)獲得糾錯的全長序列信息。此方法可以在單細胞水平上檢查不同的RNA剪切和RNA編輯。

圖1 基于Illumina基因表達和Nanopore可變剪切轉(zhuǎn)錄本表達量的t-SNE圖

圖2 神經(jīng)元成熟過程中Clta可變剪切轉(zhuǎn)錄本t-SNE圖

本公司單細胞測序分析內(nèi)容：

分析結(jié)果可視化結(jié)果

 
圖1 PCA聚類分析                圖2 UMAP細胞聚類

   
圖3 鑒定到marker基因               圖4 注釋細胞類群

 
圖5 細胞間通訊分析                 圖6 擬時序分析
   
 圖7 RNA速率分析          圖8 轉(zhuǎn)錄因子活性分析

圖9 各細胞亞型中差異表達基因及可變剪切轉(zhuǎn)錄本

送樣要求：
       新鮮組織、血液樣本、單細胞懸液寄送：

參考文獻
Lebrigand K, Magnone V, Barbry P, Waldmann R. High throughput error corrected Nanopore single cell transcriptome sequencing. Nat Commun. 2020;11(1):4025. Published 2020 Aug 12. doi:10.1038/s41467-020-17800-6 IF: 16.6  Q1