RNA-Seq de novo 數(shù)據(jù)分析服務(wù)

 
生物信息分析服務(wù)結(jié)果報(bào)告
1、 原始數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計(jì)
2、過濾掉低質(zhì)量reads后的數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)
3、高級生物信息分析結(jié)果報(bào)告
      利用Trinity (Version: r2011-08-20) 進(jìn)行de novo assembly, Trinity參數(shù)：--min_kmer_cov 2 -- min_contig_length 100 --run_butterfly。拼接后的轉(zhuǎn)錄本，通過PERL腳本去冗余，在同一個(gè)component ID的序列中選擇最長的一個(gè)isoform代表該locus的轉(zhuǎn)錄本，得到Unigene集。
3.1、 Unigene長度分布統(tǒng)計(jì)
3.2、基因注釋
3.3、對Unigene進(jìn)行蛋白預(yù)測
3.4、Unigene的GO功能分類
3.5、Unigene的COG功能分類
3.6、 Unigene表達(dá)差異分析
3.7、 GO功能顯著性富集分析
3.8、差異表達(dá)基因GO功能分類與比較
3.9、Unigene的KEGG信號通路分析
3.10、ko功能顯著性富集分析
4、分析方法備注
      解壓縮文件：
      為方便下載，所有文件都在linux下使用“tar –zcvf”壓縮后上傳，后綴為.tar.gz。這些文件可以用   以下方法解壓縮：
     Unix/Linux用戶: tar -zxvf *.tar.gz
     Windows用戶: 推薦使用winRAR軟件
     Mac用戶: shell: tar -zxvf *.tar.gz或者推薦使用stuffit expander
注意：本公司生物信息專員具體豐富的數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗(yàn)，分析過多種物種的RNA-Seq數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)分析部經(jīng)理的RNA-Seq分析文章發(fā)表于BMC雜志（第一作者）。