27分文章揭示lncRNA直接結合mRNA

      近年來，長鏈非編碼RNA（(long noncoding RNA, lncRNA)）的研究熱度持續(xù)升溫，高分文章頻出。目前，lncRNA的研究機制比較常見的是通過ceRNA機制或結合蛋白調控mRNA，而LncRNA直接結合mRNA的研究報道相對較少。下面要講的文獻（Analysis of the androgen receptor–regulatedlncRNA landscape identifies a role for ARLNC1in prostate cancer progression），研究內容只來回圍繞一個mRNA和一個LncRNA之間的相互調控就發(fā)27分雜志。

首先看下機制圖：

   是否驚訝27分的文獻機制竟如此簡單？一般的高分文章都會很復雜且涉及n多個分子！這篇文章揭示AR蛋白作用于LncRNA ARLNC1的啟動子區(qū)，促進ARLNC1的轉錄，而ARLNC1又于AR mRNA直接結合促進穩(wěn)定和翻譯，從而形成一個正反饋回路。

研究路線：

1.篩選前列腺癌中受AR調控的基因

   雄激素受體（AR）在前列腺癌中起重要作用，因此作者研究AR調控的基因。通過RNA seq檢測DHT處理和未處理的前列腺癌細胞（n=3）,篩選受AR調控的的mRNA和lncRNA (A). 并通過TCGA數(shù)據(jù)庫篩選與前列腺癌相關的mRNA和lncRNA（B）,最后發(fā)現(xiàn)幾個被AR正調控且在前列腺癌中上調mRNA 和lncRNA (C)

2.ARLNC1 為前列腺譜系特異性lncRNA，且在癌癥中高表達

   通過整合轉錄組學分析發(fā)現(xiàn)ARLNC1差異受AR調控最明顯，且在前列腺癌中特異表達，因此選為目標基因，進行下一步研究。

3.ARLNC1調控AR信號通路

   確定目標后就是研究ARLNC1的下游通路，通過siRNA干擾ARLNC1進行表達普芯片檢測，功能富集后發(fā)現(xiàn)下游基因與AR相關，這就可能ARLNC1又反饋調控AR。

4.ARLNC1和AR轉錄本共定位

   接下來作者直接研究ARLNC1是否直接結合AR mRNA。首先預測兩個RNA之間是否又結合位點，通過熒光素酶報告基因實驗驗證兩者結合，通過FISH在細胞核組織中驗證兩個RNA轉錄本共定位。

1.ARLNC1作為AR陽性前列腺癌模的治療靶點

   最后就是將通路回到體內驗證