相分離是最近兩年非?;鸬念I(lǐng)域,尚處于起步階段,發(fā)表文獻(xiàn)影響因子也比較高,也是NATURE,SCIENCE,CELL等高分期刊雜志上的??汀匀幌喾蛛x中標(biāo)項(xiàng)目非常少,具有良好的研究前景。
蛋白質(zhì)液-液相分離(LLPS),是細(xì)胞內(nèi)眾多無膜細(xì)胞器和生物分子凝聚體動(dòng)態(tài)組裝的主要驅(qū)動(dòng)力。鑒定相分離蛋白需要多種實(shí)驗(yàn),其中,體外重構(gòu)相分離實(shí)驗(yàn)通過嚴(yán)格控制各種條件,可以更方便地研究相分離現(xiàn)象;而細(xì)胞內(nèi),尤其是生理?xiàng)l件下相分離現(xiàn)象的鑒別檢測,對于研究相分離蛋白的生物學(xué)功能不可或缺。近年來,圍繞相分離的研究不斷涌現(xiàn),發(fā)現(xiàn)了各種新的相分離相關(guān)蛋白,涉及到許多重要的生物學(xué)過程。但是,領(lǐng)域內(nèi)卻缺乏系統(tǒng)性整合體內(nèi)外實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的相分離相關(guān)蛋白數(shù)據(jù)庫。
今天我們來講一下北京大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院醫(yī)學(xué)生物信息學(xué)系李婷婷研究組、清華大學(xué)陳陽研究組、歐洲生物信息研究所Henning Hermjakob研究組在Nucleic AcidsResearch(IF=11.501)雜志上在線發(fā)表文章“PhaSepDB: adatabase of liquid–liquid phase separation related proteins”。該文章發(fā)布了目前包含體內(nèi)外實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的液-液相分離相關(guān)蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫PhaSepDB(http://db.phasep.pro/),為進(jìn)一步研究體內(nèi)外蛋白質(zhì)液-液相分離形成機(jī)制、蛋白特征以及在病理過程中潛在作用提供數(shù)據(jù)支持。
PhaSepDB數(shù)據(jù)庫對近年來發(fā)表文獻(xiàn)、Uniprot數(shù)據(jù)庫內(nèi)已有相分離相關(guān)蛋白 信息進(jìn)行人工記錄及整合,目前已收錄2957個(gè)相關(guān)蛋白的4018條信息,2303個(gè)蛋白質(zhì)(77.9%)位于不同的細(xì)胞器中, 661個(gè)蛋白質(zhì)(22.1%)與已知細(xì)胞器不相關(guān)。該數(shù)據(jù)涵蓋三十多種無膜細(xì)胞器,提供相分離相關(guān)蛋白介紹、蛋白物質(zhì)狀態(tài)、相關(guān)突變或疾病、對應(yīng)文獻(xiàn)內(nèi)容、相分離相關(guān)序列特征分析以及免疫熒光圖像。同時(shí),網(wǎng)站提供基于無膜細(xì)胞器的圖形化導(dǎo)航,并支持搜索以及下載相分離相關(guān)蛋白。
進(jìn)入網(wǎng)站界面是這樣的,就是一個(gè)搜索界面,可以根據(jù)不用的蛋白ID進(jìn)行搜索,還可以篩選數(shù)據(jù)來源,也可以下載數(shù)據(jù)資料。以FUS為例進(jìn)行搜索,搜索結(jié)果如圖,結(jié)果提供蛋白質(zhì)名稱、種屬、分布、已發(fā)表該蛋白相分離的文章及功能,還包括參考文獻(xiàn)具體說明,蛋白的生物信息學(xué)分析以及相分離的免疫熒光圖像。
當(dāng)然數(shù)據(jù)庫還支持?jǐn)?shù)據(jù)下載,可以選擇不同的數(shù)據(jù)類型,數(shù)據(jù)就以excel形式保存。