如何使用GSEA下載相關(guān)的數(shù)據(jù)

基因集富集分析 (Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)的基本思想是使用預(yù)定義的基因集（通常來(lái)自功能注釋或先前實(shí)驗(yàn)的結(jié)果），將基因按照在兩類(lèi)樣本中的差異表達(dá)程度排序，然后檢驗(yàn)預(yù)先設(shè)定的基因集合是否在這個(gè)排序表的頂端或者底端富集?；蚣细患治鰴z測(cè)基因集合而不是單個(gè)基因的表達(dá)變化，因此可以包含這些細(xì)微的表達(dá)變化，預(yù)期得到更為理想的結(jié)果。

一、點(diǎn)擊“Molecular Signatures Database”，然后點(diǎn)擊“Search Gene Sets”，出現(xiàn)如下界面：

二、在“Keywords”中輸入想要查詢的方向，如免疫反應(yīng)“IMMUNE_RESPONSE”。點(diǎn)擊“search”,出現(xiàn)查詢結(jié)果，這里顯示免疫反應(yīng)基因集合，有235個(gè)免疫反應(yīng)基因：

三、點(diǎn)擊“IMMUNE_RESPONSE”，頁(yè)面跳轉(zhuǎn)到詳細(xì)信息，然后選擇“gmt”格式下載：

四、數(shù)據(jù)下載完成之后，我們可以根據(jù)自己需要的系統(tǒng)版本，下載GSEA軟件（下載地址: https://www.gsea-msigdb.org/gsea/downloads.jsp），然后進(jìn)一步對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析:

今天的分享就到這里啦，希望能幫到苦心科研的你，我們下次再見(jiàn)！