近日,有研究通過發(fā)現(xiàn)polyc -RNA結(jié)合蛋白1 (PCBP1)作為腫瘤抑制因子和RNA調(diào)節(jié)因子,在人類癌癥中下調(diào),從PCBP1出發(fā)揭示其在肺腺癌(LUAD)中的生物學(xué)功能。該研究發(fā)表在Journal of Translational Medicine》,IF:8.440。
技術(shù)路線:
主要研究結(jié)果:
1. PCBP1低表達(dá)預(yù)示腫瘤患者預(yù)后不良
PCBP1多在不同水平上參與基因表達(dá)調(diào)控,其中一些成員在腫瘤發(fā)生中起著重要作用。hnRNP家族在腫瘤組織中顯著下調(diào),而PCBP1在早期死亡組和長(zhǎng)期生存組中表達(dá)差異最顯著(圖1A)。K-M生存曲線顯示,在TCGA和GSE19188隊(duì)列中,PCBP1低表達(dá)組的總生存期均明顯較差(圖1B)。此外,PCBP1在遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移患者對(duì)應(yīng)的IV期腫瘤組織中表達(dá)顯著降低(圖1C, D)。這些結(jié)果提示PCBP1在肺腫瘤發(fā)生中起重要作用。
接下來(lái),分析PCBP1在LUAD中的表達(dá)及其對(duì)診斷的預(yù)測(cè)價(jià)值。免疫組化顯示PCBP1在肺腫瘤組織中表達(dá)下降(圖1E, F)。PCBP1與腫瘤侵襲、淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移和臨床分期顯著相關(guān)(圖1F)。作者比較了肺腺癌正常組織和腫瘤組織,發(fā)現(xiàn)PCBP1 mRNA水平在腫瘤中較低(圖1G)。此外,PCBP1與三個(gè)病理參數(shù)在mRNA水平上有更顯著的相關(guān)性(圖1G)。PCBP1在蛋白和mRNA水平的低表達(dá)與LUAD患者的低生存率密切相關(guān)(圖1H, I)。綜上所述,這些數(shù)據(jù)表明PCBP1是LUAD患者潛在的預(yù)后生物標(biāo)志物。
圖1 PCBP1的預(yù)后和潛在生物學(xué)價(jià)值的鑒定
2. PCBP1在體外可抑制LUAD細(xì)胞的增殖和遷移
接下來(lái),探討PCBP1在LUAD進(jìn)展中的作用。采用集落形成和CCK-8實(shí)驗(yàn)評(píng)估PCBP1對(duì)細(xì)胞增殖的影響:PCBP1敲低顯著增加了A549和H358細(xì)胞的集落形成(圖2A, B)和細(xì)胞增殖。Sh-PCBP1細(xì)胞的細(xì)胞增殖率增加(圖2D,E),PCBP1過表達(dá)抑制細(xì)胞增殖(圖2F)。創(chuàng)面愈合實(shí)驗(yàn)表明,與對(duì)照組細(xì)胞相比,sh-PCBP1細(xì)胞具有更高的細(xì)胞遷移能力(圖2G、H),而這些指標(biāo)在過表達(dá)PCBP1的細(xì)胞中降低(圖2I)。綜上, PCBP1可以抑制肺腺癌的發(fā)展。
圖2 PCBP1對(duì)LUAD體外生物學(xué)行為的影響
3. PCBP1與肺腺癌患者的腫瘤轉(zhuǎn)移相關(guān)
為了了解PCBP1影響LUAD存活的分子基礎(chǔ),在PCBP1缺失后對(duì)A549細(xì)胞進(jìn)行了RNA測(cè)序。與對(duì)照組相比,sh-PCBP1中有643個(gè)下調(diào)基因和490個(gè)上調(diào)基因(圖3A)。為了進(jìn)一步研究已鑒定的DEGs的特征,采用基因腫瘤學(xué)和KEGG通路富集方法對(duì)交叉的差異基因進(jìn)行分析。差異基因主要在與腫瘤轉(zhuǎn)移相關(guān)的生物過程中富集:細(xì)胞粘附分子結(jié)合、上皮細(xì)胞遷移(圖3B)和Wnt信號(hào)通路(圖3D)。這些通路都與腫瘤轉(zhuǎn)移有關(guān)。上皮-間充質(zhì)轉(zhuǎn)化(Epithelial-mesenchymal transition, EMT)是腫瘤轉(zhuǎn)移的重要生物學(xué)過程。EMT相關(guān)基因取自“hallmark_epithelial - epithelial - MESENCHYMAL_TRANSITION”基因列表,使用熱圖顯示(圖3C)。對(duì)差異基因的富集分析顯示,富集通路主要存在于轉(zhuǎn)移相關(guān)信號(hào)通路中,而在KEGG通路分析中,Wnt通路調(diào)控腫瘤轉(zhuǎn)移。RNA-Seq分析顯示,在Wnt信號(hào)通路中,與對(duì)照組相比,PCBP1敲除細(xì)胞中有6個(gè)基因上調(diào),10個(gè)基因下調(diào)(圖3E)。根據(jù)PCBP1的表達(dá)情況,將TCGA-LUAD患者分為高表達(dá)組和低表達(dá)組。在GSEA結(jié)果中,PCBP1低表達(dá)組也富集了“上皮-間充質(zhì)轉(zhuǎn)化”通路(圖3F)。因此選擇了22個(gè)基于fold-change和功能的差異基因?qū)?/span>PCBP1敲低和過表達(dá)細(xì)胞進(jìn)行qRT-PCR以驗(yàn)證RNA測(cè)序結(jié)果(圖3G)。這些發(fā)現(xiàn)揭示了PCBP1與LUAD患者轉(zhuǎn)移之間的聯(lián)系。
圖3 PCBP1在轉(zhuǎn)移中的表達(dá)
4. PCBP1通過直接結(jié)合DKK1 mRNA抑制LUAD進(jìn)程,延長(zhǎng)其mRNA穩(wěn)定性
DKK1屬于與肺癌轉(zhuǎn)移相關(guān)的Wnt信號(hào)通路。基于以上結(jié)果, DKK1可能是影響PCBP1改變時(shí)腫瘤轉(zhuǎn)移的關(guān)鍵因素(圖4A)。結(jié)果表明,在A549和H358細(xì)胞中PCBP1敲低可降低DKK1蛋白水平,而在A549細(xì)胞中過表達(dá)PCBP1可提高DKK1 mRNA水平(圖4B)。在蛋白質(zhì)水平上也觀察到了同樣的結(jié)論(圖4C)。PCBP1已被確定為調(diào)節(jié)許多癌癥相關(guān)基因的選擇性剪接、翻譯和RNA穩(wěn)定性。為了確定PCBP1和DKK1之間的相互作用,進(jìn)行了RIP分析。RIP分析顯示,在A549細(xì)胞中,DKK1結(jié)合PCBP1(圖4D)。此外,利用A549細(xì)胞裂解液進(jìn)行RNA-pull down,然后進(jìn)行western blot分析和銀染(圖4E),驗(yàn)證了細(xì)胞中DKK1與PCBP1的結(jié)合。此外,又評(píng)估了DKK1 mRNA對(duì)放線菌素D治療的響應(yīng)穩(wěn)定性。PCBP1過表達(dá)導(dǎo)致DKK1 mRNA半衰期延長(zhǎng)(圖4F)。這些結(jié)果表明,PCBP1通過穩(wěn)定DKK1 mRNA密切調(diào)控DKK1的表達(dá)。
圖4 PCBP1介導(dǎo)DKK1 mRNA的穩(wěn)定性
5. PCBP1通過靶向DKK1抑制Wnt/β - catenin通路
DKK1是β - catenin依賴的Wnt信號(hào)通路的抑制劑。DKK1調(diào)控失調(diào)現(xiàn)已成為多種人類癌癥的重要因素。Western blot結(jié)果顯示,PCBP1敲除細(xì)胞中β-catenin表達(dá)上調(diào),PCBP1過表達(dá)細(xì)胞中β-catenin表達(dá)下調(diào)。然而,phospho-β-catenin的表達(dá)則相反(圖5A)。此外,western blot檢測(cè)EMT相關(guān)標(biāo)志物水平,表明PCBP1降低了Vimentin水平,而升高了claudin-1水平(圖5A)。Transwell實(shí)驗(yàn)顯示,與對(duì)照細(xì)胞相比,sh-PCBP1細(xì)胞具有更高的細(xì)胞遷移能力(圖5B)。接下來(lái),研究PCBP1是否通過調(diào)控DKK1在LUAD中抑制細(xì)胞遷移和遷移。RT-qPCR結(jié)果顯示,si-DKK1#1和si-DKK1#2敲除效率較好(圖5C)。PCBP1-OE轉(zhuǎn)染A549細(xì)胞后,,phospho-β-catenin和claudin-1水平升高,β-catenin和vimentin水平降低,但si-DKK1逆轉(zhuǎn)了這些結(jié)果(圖5D)。此外,過表達(dá)PCBP1的A549細(xì)胞的細(xì)胞遷移能力明顯下降,通過下調(diào)DKK1可以消除這種能力(圖5E)。綜上所述,這些數(shù)據(jù)表明DKK1是PCBP1的重要下游靶點(diǎn)。
圖5 PCBP1/DKK1/β-catenin在LUAD細(xì)胞中調(diào)節(jié)遷移和EMT
6. PCBP1在體內(nèi)可抑制LUAD的腫瘤生長(zhǎng)和轉(zhuǎn)移
采用小鼠尾靜脈注射PCBP1敲除細(xì)胞的方法,探討PCBP1在肺轉(zhuǎn)移中的作用。PCBP1基因敲除顯著降低了H358小鼠模型的體重,并加重了A549(圖6A-C)和H358(圖6D-F)小鼠模型的肺轉(zhuǎn)移負(fù)擔(dān)。在皮下異種移植模型中,PCBP1基因敲除組的腫瘤體積似乎比對(duì)照組大(圖6G,H)。而PCBP1過表達(dá)組的腫瘤生長(zhǎng)被顯著抑制,腫瘤體積更小,重量更輕(圖6I)。此外,IHC分析顯示,轉(zhuǎn)染sh-PCBP1后腫瘤組織中ki67陽(yáng)性細(xì)胞明顯增加。此外,測(cè)量BALB/c nu小鼠切除腫瘤的重量,發(fā)現(xiàn)PCBP1抑制了腫瘤的生長(zhǎng)和重量(圖6J)??傊?,這些數(shù)據(jù)表明PCBP1介導(dǎo)肺轉(zhuǎn)移和LUAD腫瘤生長(zhǎng)。
圖6 PCBP1在LUAD體內(nèi)抑制腫瘤生長(zhǎng)和轉(zhuǎn)移
7. 在LUAD患者中PCBP1與DKK1呈正相關(guān)
為了檢驗(yàn)這些發(fā)現(xiàn)的臨床相關(guān)性,使用免疫組化染色檢測(cè)了72名具有配對(duì)相鄰正常組織的LUAD患者的臨床注釋隊(duì)列中PCBP1、DKK1和β-catenin的表達(dá)。數(shù)據(jù)顯示,與配對(duì)正常肺組織相比,腫瘤組織中DKK1蛋白表達(dá)下降,β-catenin蛋白表達(dá)增強(qiáng)(圖7A, B)。在LUAD患者中,DKK1高表達(dá)與生存率的提高密切相關(guān),而β-catenin高表達(dá)則預(yù)示預(yù)后不良(圖7C)。同時(shí),IHC染色檢測(cè)到DKK1和β-catenin的表達(dá)與腫瘤的大小,N分期和腫瘤分期有關(guān)(圖7D)。PCBP1得分較高的組織DKK1表達(dá)增加,β-catenin降低。相反,PCBP1得分較低的組織表現(xiàn)出較低水平的DKK1表達(dá)和較高水平的β-catenin(圖7E)。這些結(jié)果表明,在LUAD中PCBP1和DKK1呈正相關(guān)(圖7F)。PCBP1和DKK1均與β-catenin呈負(fù)相關(guān)(圖7F)。同樣的結(jié)果在TCGA和GSE19188數(shù)據(jù)庫(kù)中得到驗(yàn)證(圖7G)。這些結(jié)果表明PCBP1與DKK1呈正相關(guān),而PCBP1和DKK1與β-catenin呈負(fù)相關(guān),而β-catenin是LUAD OS的獨(dú)立預(yù)后標(biāo)志物。
圖7 高水平的PCBP1和DKK1在LUAD中表達(dá)預(yù)示著良好的臨床結(jié)局
結(jié)論:
該數(shù)據(jù)揭示了PCBP1-DKK1-β-catenin在LUAD中的一種新的調(diào)控機(jī)制,并表明PCBP1可能作為一種與良好預(yù)后因素相關(guān)的新標(biāo)志物,強(qiáng)調(diào)了PCBP1作為一個(gè)有前途的治療靶點(diǎn)的潛力。