FDRdb：纖維化疾病相關(guān)RNA組數(shù)據(jù)庫

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纖維化是一種常見且嚴(yán)重的疾病，在許多器官中作為一種復(fù)雜的損傷存在，并引發(fā)一系列復(fù)雜的反應(yīng)。核糖核酸（RNA）的失調(diào)在多種器官纖維化病例中起著重要作用。然而，對于纖維化疾病，仍然缺乏一個集成的平臺。FDRdb是一個纖維化疾病相關(guān)RNA組信息和高通量數(shù)據(jù)集數(shù)據(jù)庫：（i）包含8個物種中912個RNA與92種纖維化疾病之間的1947種關(guān)聯(lián)；（ii）收集764個纖維化疾病數(shù)據(jù)集的信息；（iii）提供用戶友好的網(wǎng)絡(luò)界面，允許用戶瀏覽、搜索和下載有關(guān)纖維化疾病和高通量數(shù)據(jù)集的RNAome信息；（iv）提供分析纖維化疾病表達(dá)譜的工具，包括差異表達(dá)分析和途徑富集。

FDhttp://www.medsysbio.org/FDRdb

l  Browse

瀏覽頁面為用戶提供了兩個選項：通過RNA或數(shù)據(jù)集進(jìn)行瀏覽。

1. 在RNA瀏覽頁面上，包含5種類型的RNA（miRNA、lncRNA、mRNA、circRNA和siRNA）、物種、疾病和組織。

以lncRNA為例：選擇“l(fā)ncRNA”后，點擊感興趣的lncRNA名稱，可以在頁面右側(cè)瀏覽lncRNA相關(guān)的纖維化疾?。?/span>

點擊“details”跳轉(zhuǎn)至詳情頁，可以查看該lncRNA在疾病中的表達(dá)情況、檢測方式等詳細(xì)信息：

2. 在數(shù)據(jù)集瀏覽頁面上，“包含4個類別：數(shù)據(jù)類型、物種、疾病和組織。

以甲基化數(shù)據(jù)集為例：選擇“Data Type”后，點擊“methylation”，可以在頁面右側(cè)瀏覽相關(guān)數(shù)據(jù)集信息：

點擊“details”跳轉(zhuǎn)至詳情頁，可以查看該數(shù)據(jù)集樣本數(shù)量等信息，并進(jìn)行下載：

l  Search

給頁面可以根據(jù)RNA名稱/疾病名稱進(jìn)行搜索：

以疾病“idiopathic pulmonary fibrosis”為例：

輸入疾病名稱后，選擇物種（人、小鼠等）和組織（血液、肺組織等），點擊“Search”進(jìn)行搜索：

結(jié)果頁面將展示與該疾病相關(guān)的基因、該基因在肺組織中的表達(dá)情況：

點擊“detail”可以查看完整信息：

l  Analysis

在該模塊，用戶可以上傳自己的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，獲得差異表達(dá)和通路富集結(jié)果。文件格式如下：

“expression profile”

“sample class profile”

上傳以上2個文件，選擇物種，點擊“Apply”進(jìn)行分析：

分析結(jié)果包括結(jié)果摘要、差異基因聚類熱圖、火山圖及KEGG、GO結(jié)果圖。

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