scLiverDB：肝臟單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)
肝臟是一個(gè)重要的器官，具有廣泛的代謝功能和許多獨(dú)特的免疫特性。在解剖學(xué)上，人的肝臟由4個(gè)葉組成，小鼠的肝臟由5個(gè)葉組成。肝小葉是肝臟的基本結(jié)構(gòu)單元。肝小葉中的血液從門脈和肝竇網(wǎng)絡(luò)流向中央靜脈。高度結(jié)構(gòu)化的分帶構(gòu)建了一個(gè)梯度代謝微環(huán)境，促進(jìn)氧氣攝入、檢測(cè)和清除感染，并吸收氮和激素。在免疫學(xué)中，肝臟富含豐富的常駐免疫細(xì)胞，這些免疫細(xì)胞以各種模式分布在肝細(xì)胞和門脈周圍，可以從血液中募集免疫細(xì)胞。由于肝臟是一個(gè)免疫耐受器官，它不僅對(duì)腸道中的病原體和微生物群敏感，而且經(jīng)常發(fā)生原發(fā)性腫瘤和轉(zhuǎn)移。因此，促進(jìn)細(xì)胞群體在肝臟再生、生理、疾病和癌癥方面的研究迫在眉睫。
近日，華中科技大學(xué)武漢光電國(guó)家研究中心張智紅教授團(tuán)隊(duì)在Small Methods期刊（12.4）上發(fā)表了題為“scLiverDB: a database of human and mouse liver transcriptome landscapes at single-cell resolution”的研究論文。scLiverDB（http://bioinfo.life.hust.edu.cn/liverdb）是人類和小鼠肝臟的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)，用于在單細(xì)胞水平揭示肝臟各種疾病、多種細(xì)胞類型以及不同發(fā)育階段的肝臟細(xì)胞組成、細(xì)胞異質(zhì)性和基因表達(dá)情況。
scLiverDB當(dāng)前版本收集兩個(gè)物種（人和小鼠），62個(gè)數(shù)據(jù)集，9050個(gè)樣品，11種肝臟疾病類型，9種單細(xì)胞建庫(kù)平臺(tái)，以及23個(gè)肝臟發(fā)育時(shí)間點(diǎn)數(shù)據(jù)，共計(jì)1741734個(gè)高質(zhì)量細(xì)胞的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，其中，1071108個(gè)人類肝臟細(xì)胞；670626個(gè)小鼠肝臟細(xì)胞。在人類肝臟中鑒定出115種細(xì)胞類型，在小鼠肝臟中鑒定出45種細(xì)胞類型。11種疾病類型，包括正常、損傷、細(xì)菌感染、急性肝衰竭、非酒精性脂肪性肝?。∟AFLD）、非酒精性脂肪性肝炎（NASH）、肝纖維化、肝硬化、腫瘤干細(xì)胞（CSC）、肝內(nèi)膽管癌（iCCA/ICC）和肝癌（HCC）；9個(gè)文庫(kù)平臺(tái)，包括10X Genomics、SMART-seq、Smart-seq2、Microwell-seq、mCEL-Seq2、STRT-seq、Fluidigm C1、indrop和MARS-seq。
scLiverDB主要包括五個(gè)模塊功能:
1）數(shù)據(jù)集多樣性：數(shù)據(jù)庫(kù)收集了幼年和成年人與小鼠多種疾病類型與癌癥的數(shù)據(jù)，并進(jìn)行統(tǒng)一分析，細(xì)胞注釋使用SingleR和手動(dòng)結(jié)合的方法，更加準(zhǔn)確地獲得細(xì)胞類型。用戶可以在網(wǎng)站上搜索不同疾?。ǜ螕p傷、肝硬化、肝纖維化和非酒精性脂肪肝）或癌癥（HCC、CSC和iCCA）狀態(tài)下基因在不同細(xì)胞中的表達(dá)情況。
2）數(shù)據(jù)集對(duì)比：數(shù)據(jù)庫(kù)提供兩個(gè)不同數(shù)據(jù)集之間的對(duì)比，不同數(shù)據(jù)集間的基因表達(dá)差異。
3）表達(dá)模式分析：數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)有時(shí)間信息的數(shù)據(jù)集進(jìn)行了表達(dá)模式分析，用戶可以查看出不同時(shí)間的基因表達(dá)變化。
4）差異表達(dá)分析：數(shù)據(jù)庫(kù)提供了正常和疾病狀態(tài)下的肝臟基因表達(dá)差異搜索功能，可視化不同疾病狀態(tài)下肝臟的基因表達(dá)變化。
5）數(shù)據(jù)可視化：數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)數(shù)據(jù)集進(jìn)行密度圖、熱圖、氣泡圖、散點(diǎn)圖和基因表達(dá)聚類圖五種展示，便于用戶選擇自己需要的可視化形式進(jìn)行展示。
