m5C甲基化lncRNA NR_033928促進(jìn)谷氨酰胺代謝重編程從而促進(jìn)胃癌增殖

欄目:最新研究動態(tài) 發(fā)布時間:2023-12-15
本研究中,作者發(fā)現(xiàn)RNA胞嘧啶- C(5)-甲基轉(zhuǎn)移酶(NSUN2) 在胃癌中上調(diào),并且NSUN2的高表達(dá)與不良預(yù)后相關(guān)......



       5-甲基胞嘧啶(m5C)異常甲基化已被證實與胃癌發(fā)生、發(fā)展及預(yù)后密切相關(guān)。失調(diào)的長鏈非編碼RNAs (lncRNAs)參與癌癥的多種生物學(xué)過程。然而,迄今為止,m5C甲基化的lncRNAs在胃癌(GC)中的研究很少。本研究中,作者發(fā)現(xiàn)RNA胞嘧啶- C(5)-甲基轉(zhuǎn)移酶(NSUN2) 在胃癌中上調(diào),并且NSUN2的高表達(dá)與不良預(yù)后相關(guān)。lncRNA NR_033928發(fā)生NSUN2甲基化且在胃癌中表達(dá)上調(diào)。機(jī)制上,NR_033928作為IGF2BP3/HUR復(fù)合物的支架,提高谷氨酰胺酶(GLS)mRNA的穩(wěn)定性,從而增加其表達(dá)。谷氨酰胺代謝物α-KG的積累促進(jìn)NR_033928啟動子5-羥甲基胞嘧啶(hm5C)去甲基化,從而上調(diào)NR_033928的表達(dá),形成正反饋環(huán)路。該研究于2023年8月發(fā)表在《Cell Death & Disease》,IF:9.0。
技術(shù)路線


主要研究結(jié)果
1. m5C調(diào)節(jié)因子上調(diào)NSUN2與胃癌患者不良預(yù)后相關(guān)
       從癌癥基因組圖譜(TCGA)數(shù)據(jù)庫中檢測m5C在胃腺癌(STAD)項目中的表達(dá)。結(jié)果表明,與正常組織相比,m5C的writers(NOP2,NSUN2,NSUN3,NSUN4,NSUN5和NSUN6)和readers(ALYREF和YBX1)在胃癌樣本中上調(diào)。核心m5C甲基轉(zhuǎn)移酶NSUN2在GC中表達(dá)最高(圖1A)。Pearson相關(guān)分析表明,NSUN2的表達(dá)與大多數(shù)其他m5C調(diào)節(jié)因子的表達(dá)呈正相關(guān)(圖1B)。分析NSUN2在24對配對的胃癌和癌旁正常組織微陣列中的表達(dá)。結(jié)果顯示NSUN2在GC中顯著升高(圖1C)。在48對胃癌和匹配的正常胃組織中進(jìn)行的qPCR分析驗證NSUN2在胃癌中的表達(dá)顯著較高(圖1D)。Western blot分析顯示NSUN2蛋白在胃癌組織中表達(dá)明顯升高(圖1E)。Kaplan-Meier Plotter結(jié)果顯示,NSUN2表達(dá)與胃癌患者的不良總生存期呈正相關(guān)(圖1F)??傊?,這些結(jié)果表明NSUN2在胃癌中表達(dá)上調(diào),并且與胃癌患者的不良診斷相關(guān)。


圖1. 在胃癌中NSUN2表達(dá)上調(diào)并與不良預(yù)后相關(guān)


2. NR_033928在GC中上調(diào),且被鑒定為發(fā)生NSUN2甲基化的lncRNA
       為繪制GC中l(wèi)ncRNA的m5C表觀遺傳修飾圖,作者對3對胃癌組織及其癌旁正常組織進(jìn)行基于m5C抗體的RNA甲基化測序和二代測序。結(jié)果顯示,有254個表達(dá)失調(diào)和11107個不同程度甲基化的lncRNAs (圖2A,B)。進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn)有10個上調(diào)且高甲基化的lncRNAs,1個上調(diào)且低甲基化的lncRNA,3個下調(diào)且高甲基化的lncRNAs,1個表達(dá)下調(diào)且低甲基化的lncRNA(圖2C)。在胃癌細(xì)胞中轉(zhuǎn)染NSUN2 siRNA,qPCR檢測NSUN2修飾的lncRNAs。結(jié)果顯示,在NSUN2沉默的細(xì)胞中,NR_033928的表達(dá)下調(diào)最明顯(圖2D)。qRT-PCR證實NR_033928在48例GC患者的GC組織中表達(dá)高于配對的正常組織(圖2E)。RNA熒光原位雜交(FISH)分析表明,與鄰近正常黏膜組織相比,GC組織具有顯著的NR_033928豐度(圖2G)。通過分析患者的臨床病理特征,發(fā)現(xiàn)NR_033928的表達(dá)水平與胃癌腫瘤大小和TNM分期呈正相關(guān)(表1)。檢測 NR_033928 在 GC 細(xì)胞系中的表達(dá),結(jié)果顯示與正常人胃細(xì)胞系GES-1相比,NR_033928在所有檢測的胃癌細(xì)胞系(HGC-27, MKN28, MKN45, AGS和SNU1)中的表達(dá)均較高(圖2F)。根據(jù)上調(diào)的表達(dá)水平,選擇MKN45和AGS進(jìn)行進(jìn)一步研究。FISH顯示NR_033928主要定位于AGS和MKN45的細(xì)胞質(zhì)中(圖2H)。CPC2和CPAT預(yù)測NR_033928的編碼概率極低(圖2I)。綜上所述,NR_033928被確定為胃癌中潛在的NSUN2修飾的致癌lncRNA。


圖2. NR_033928的鑒定與表征


3. NR_033928在體內(nèi)和體外均有致癌作用
       在GC細(xì)胞中進(jìn)行功能增益和功能喪失試驗。將NR_033928 siRNA 和過表達(dá)載體分別轉(zhuǎn)染到MKN45和AGS細(xì)胞中。菌落形成實驗表明,敲除NR_033928 會減少MKN45細(xì)胞中的菌落數(shù)量,而過表達(dá)NR_033928則會促進(jìn)AGS細(xì)胞中的菌落形成(圖3A,B)。同樣,EDU試驗表明,減少NR_033928的表達(dá)會削弱MKN45細(xì)胞的增殖能力,而增加NR_033928的表達(dá)則會增強(qiáng)AGS細(xì)胞的增殖能力(圖3C,D)。此外,流式細(xì)胞術(shù)檢測顯示,與對照組相比,轉(zhuǎn)染NR_033928 siRNA的MKN45細(xì)胞中凋亡細(xì)胞比例增加(圖3E)。而轉(zhuǎn)染NR_033928過表達(dá)載體的AGS細(xì)胞凋亡細(xì)胞數(shù)量減少(圖3F)。將轉(zhuǎn)染有NR_033928 shRNA和過表達(dá)載體的GC細(xì)胞皮下注射到5周大的Balb/c小鼠體內(nèi)。異種移植腫瘤模型顯示,注射MKN45-sh-NR_033928小鼠的腫瘤重量和體積明顯小于對照組(圖 3G)。穩(wěn)定轉(zhuǎn)染過表達(dá)NR_033928慢病毒的AGS細(xì)胞促進(jìn)異種移植瘤的生長(圖 3H)??傊?,NR_033928在體外和體內(nèi)都促進(jìn)GC的增殖,抑制細(xì)胞凋亡。


圖3. NR_033928促進(jìn)細(xì)胞增殖,抑制細(xì)胞凋亡。


4. NSUN2通過維持NR_033928在GC中的穩(wěn)定性而上調(diào)其表達(dá)
       m5C RIP分析顯示,在GC細(xì)胞中同步轉(zhuǎn)染NSUN2 siRNA或過表達(dá)載體后,NR_033928的m5C修飾水平降低或升高(圖4A-D)。Sanger測序驗證特定的m5C甲基化位點C154(圖4E)。在敲低NSUN2后,這種甲基化被完全消除,堿基C被轉(zhuǎn)化為堿基T。通過Dactinomycin實驗評估NSUN2是否通過調(diào)節(jié)NR_033928的RNA穩(wěn)定性來調(diào)節(jié)其表達(dá)。結(jié)果顯示,在轉(zhuǎn)染NSUN2 siRNA或過表達(dá)載體的細(xì)胞中,NR_033928的半衰期縮短或延長(圖4F-I)。綜上所述,結(jié)果表明NSUN2催化NR_033928的m5C修飾,并通過增強(qiáng)RNA穩(wěn)定性來上調(diào)其表達(dá)。


圖4. NSUN2介導(dǎo)NR_033928 m5C甲基化并調(diào)控其表達(dá)。


5. NR_033928通過GLS介導(dǎo)的谷氨酰胺代謝調(diào)控胃癌的增殖和凋亡
       在NR_033928缺陷和野生型細(xì)胞中進(jìn)行RNA-seq(圖5A)。通過KEGG分析發(fā)現(xiàn)NR_033928的表達(dá)與谷氨酰胺代謝通路呈正相關(guān),而谷氨酰胺代謝通路與癌癥進(jìn)展密切相關(guān)(圖5B)。EDU實驗表明NR_033928過表達(dá)細(xì)胞在正常培養(yǎng)基和谷氨酰胺剝奪培養(yǎng)基中增殖能力增強(qiáng)或減弱(圖5C)。細(xì)胞凋亡實驗顯示,正常培養(yǎng)基中NR_033928過表達(dá)的細(xì)胞凋亡比例降低,而在去除谷氨酰胺的培養(yǎng)基中,凋亡細(xì)胞的比例恢復(fù)(圖5E)。在所有差異表達(dá)基因中,GLS是參與谷氨酰胺分解的關(guān)鍵基因。在GC細(xì)胞中,過表達(dá)NR_033928上調(diào)谷氨酸和α-KG的含量,而共轉(zhuǎn)染sh-GLS則下調(diào)它們的含量(圖5D, F)。EDU實驗顯示,在AGS細(xì)胞中,過表達(dá)NR_033928增加EDU陽性細(xì)胞的比例,在NR_033928過表達(dá)載體和sh-GLS共轉(zhuǎn)染后,EDU陽性細(xì)胞的比例下降(圖5G)。細(xì)胞凋亡實驗顯示,在AGS細(xì)胞中過表達(dá)NR_033928降低凋亡細(xì)胞的比例,而在AGS細(xì)胞中共轉(zhuǎn)染NR_033928過表達(dá)載體和sh-GLS挽救凋亡細(xì)胞的比例(圖5H)。在AGS細(xì)胞中應(yīng)用GLS抑制劑Telaglenastat(CB-839)。EDU分析顯示CB-839降低AGS細(xì)胞中轉(zhuǎn)染NR_033928過表達(dá)載體的細(xì)胞的增殖活性(圖5I)。凋亡分析表明,CB-839促進(jìn)AGS細(xì)胞中轉(zhuǎn)染NR_033928過表達(dá)載體的細(xì)胞的凋亡(圖5J)。這些結(jié)果表明,NR_033928通過GLS介導(dǎo)的谷氨酰胺代謝在胃癌中發(fā)揮作用。


圖5. NR_033928通過GLS介導(dǎo)的谷氨酰胺代謝促進(jìn)GC進(jìn)展


6. NR_033928與IGF2BP3/HUR復(fù)合物相互作用并促進(jìn)其形成
       在胃癌細(xì)胞中分別進(jìn)行3次RNA pull-down和質(zhì)譜分析。在所有的候選蛋白中,IGF2BP3和HUR存在于質(zhì)譜結(jié)果和預(yù)測的GLS結(jié)合蛋白結(jié)果中 (圖6A-C)。使用IGF2BP3和HUR抗體進(jìn)行RNA免疫沉淀分析。結(jié)果顯示,與IgG組相比,IGF2BP3或HUR抗體組中NR_033928的表達(dá)顯著較高(圖6D)。RNA pull-down分析證實,生物素標(biāo)記的NR_033928可以沉淀出重組IGF2BP3和HUR(圖6E)。提出假設(shè)NR_033928作為IGF2BP3/ HUR復(fù)合物的支架來促進(jìn)GLS mRNA在胃癌中的穩(wěn)定性。免疫共沉淀實驗表明,IGF2BP3和HUR在GC中相互作用(圖6F, G)。siRNA沉默NR_033928,減少IGF2BP3或HUR抗體沉淀的HUR或IGF2BP3的蛋白量(圖6H, I)。為進(jìn)一步闡明NR_033928如何招募IGF2BP3和HUR,設(shè)計NR_033928缺失突變體。RNA pull-down分析顯示,含有1387-1926nt的NR_033928 #1片段與IGF2BP3相互作用,含有1387-1926nt、50-1014nt、1 - 1374nt的#1、#4、#5片段與HUR相互作用(圖6J)。此外,根據(jù)IGF2BP3和HUR的內(nèi)在蛋白結(jié)構(gòu)域構(gòu)建一系列flag標(biāo)記的截短體。RIP實驗表明,IGF2BP3結(jié)構(gòu)域(198-344aa)和HUR結(jié)構(gòu)域(1-99aa)與NR_033928特異性相互作用(圖6K, L)??傊?,NR_033928與IGF2BP3/HUR復(fù)合體相互作用并促進(jìn)其形成。


圖6. NR_033928直接結(jié)合IGF2BP3/HUR復(fù)合物


7. NR_033928促進(jìn)IGF2BP3/HUR復(fù)合物與GLS mRNA的相互作用
       RIP實驗表明HUR和IGF2BP3與GLS結(jié)合(圖7A,E)。Western blot分析證實,構(gòu)建IGF2BP3和HUR的過表達(dá)質(zhì)粒和siRNA,并在GC細(xì)胞中轉(zhuǎn)染(圖7B,F(xiàn))。Dactinomycin實驗表明,過表達(dá)IGF2BP3使GLS的半衰期延長,共轉(zhuǎn)染HUR siRNA使GLS的半衰期縮短(圖7C)。在使用HUR過表達(dá)載體和IGF2BP3 siRNA進(jìn)行的Dactinomycin檢測中,也檢測到類似的結(jié)果(圖7G)。這些結(jié)果表明,IGF2BP3和HUR協(xié)同增強(qiáng)GLS的穩(wěn)定性。RIP實驗顯示,沉默NR_033928或過表達(dá)NR_033928降低或增加IGF2BP3和HUR結(jié)合的GLS的數(shù)量(圖7D,H)。Dactinomycin實驗顯示,si-IGF2BP3或si-HUR縮短GLS的半衰期,與NR_033928過表達(dá)載體共轉(zhuǎn)染延長GLS的半衰期(圖7I,K)。qRT-PCR分析表明,抑制IGF2BP3表達(dá)降低通過過表達(dá)NR_033928增加的GLS表達(dá)(圖7J)。同樣,抑制HUR表達(dá)降低GLS的表達(dá),而過表達(dá)NR_033928增加GLS的表達(dá)(圖7L)。因此,NR_033928通過作為IGF2BP3/HUR復(fù)合物和GLS的支架調(diào)節(jié)GLS的穩(wěn)定性,從而調(diào)節(jié)GLS的表達(dá)。


圖7. NR_033928在IGF2BP3/HUR和GLS之間起支架作用


8. α-KG促進(jìn)NR_033928啟動子去甲基化從而增加NR_033928的表達(dá) 
       NR_033928在谷氨酰胺缺失培養(yǎng)基中表達(dá)顯著降低(圖8A)。沉默GLS降低NR_033928的表達(dá)(圖8B)。qRT-PCR分析表明,添加外源性合成的α-KG (DM-α-KG)而不是谷氨酰胺的其他代謝物增加NR_033928的表達(dá)(圖8C)。α-KG異常積累作為DNA去甲基化酶(TETs)和組蛋白去甲基化酶(JMJDs)的輔因子在基因組表觀遺傳調(diào)控中發(fā)揮重要作用(圖8D)。通過GSK-J4抑制組蛋白去甲基化酶(JMJDs)并沒有改變NR_033928的表達(dá)(圖8E)。Tet家族(Tet1 Tet2和Tet3)的聯(lián)合沉默顯著降低NR_033928的表達(dá)(圖8F)。hMeDIP實驗表明,添加外源性DM-αKG增加NR_033928啟動子hm5C的水平,在谷氨酰胺去除培養(yǎng)基培養(yǎng)的細(xì)胞中轉(zhuǎn)染sh-Tet1-3降低hm5C的水平(圖8G,H)??傊?,α-KG以TETs依賴的DNA去甲基化方式促進(jìn)NR_033928的表達(dá)。


圖8. α-KG通過促進(jìn)NR_03928啟動子去甲基化上調(diào)NR_033928的表達(dá)


9. NR_033928在GC中的臨床意義
       對隨訪數(shù)據(jù)的Kaplan-Meier分析表明,NR_033928的表達(dá)與患者的總生存期呈負(fù)相關(guān)(圖9A)。此外,在線Kaplan-Meier模型結(jié)果顯示,GLS高表達(dá)的患者總生存期低于GLS低表達(dá)的患者(圖9B)。在異種移植瘤模型中,第4周處死所有小鼠,并將腫瘤用于免疫組織化學(xué)分析(圖9C)。GLS免疫組織化學(xué)染色顯示,敲低NR_033928后,GLS的表達(dá)明顯降低。此外,對增殖標(biāo)志物Ki67和凋亡標(biāo)志物c-caspase3的分析表明,沉默NR_033928降低Ki-67的表達(dá),增強(qiáng)c-caspase3的表達(dá)。因此,NR_033928可作為胃癌的潛在預(yù)后標(biāo)志物,沉默NR_033928可抑制胃癌細(xì)胞增殖并促進(jìn)其凋亡。


圖9. NR_033928作為胃癌的預(yù)后和治療性生物標(biāo)志物


結(jié)論
       綜上所述,本研究發(fā)現(xiàn)一種NSUN2甲基化的lncRNA,NR_033928,在GC細(xì)胞和組織中高表達(dá)。NR_033928通過GLS 介導(dǎo)的谷氨酰胺代謝促進(jìn)GC的進(jìn)展,可能是一個潛在的預(yù)后和治療靶點。

實驗方法
細(xì)胞培養(yǎng),m5C MeRIP測序和MeRIP- PCR,lncRNA表達(dá)譜和mRNA二代測序,寡核苷酸、慢病毒和質(zhì)粒轉(zhuǎn)染,RNA提取和PCR,F(xiàn)ISH,WB,RNA半衰期檢測,菌落形成實驗,EDU染色,細(xì)胞凋亡檢測,谷氨酸和α-酮戊二酸檢測,羥甲基化DNA免疫沉淀,裸鼠實驗,免疫組化,RIP,Co-IP,RNA pull-down和質(zhì)譜分析,sanger測序
參考文獻(xiàn)
Fang L, Huang H, Lv J, Chen Z, Lu C, Jiang T, Xu P, Li Y, Wang S, Li B, Li Z, Wang W, Xu Z. m5C-methylated lncRNA NR_033928 promotes gastric cancer proliferation by stabilizing GLS mRNA to promote glutamine metabolism reprogramming. Cell Death Dis. 2023 Aug 15;14(8):520. doi: 10.1038/s41419-023-06049-8. PMID: 37582794; PMCID: PMC10427642.