國(guó)自然熱點(diǎn)-遷移體的最近新文章：PI(4,5)P -Rab35軸調(diào)節(jié)遷移體形成
遷移體是最近發(fā)現(xiàn)的新興細(xì)胞器，其形成與細(xì)胞遷移密切相關(guān)。當(dāng)細(xì)胞在胞外基質(zhì)上遷移時(shí)，被稱為收縮纖維(RFs)的長(zhǎng)膜突起從細(xì)胞后部的質(zhì)膜上拉出。RFs就像連接細(xì)胞體和基質(zhì)的繩索。遷移體是一種大的囊泡狀結(jié)構(gòu)，在RFS形成開始數(shù)小時(shí)后開始在RFs上生長(zhǎng)。遷移體內(nèi)部包含多個(gè)小囊泡，像石榴一樣，可攜帶多種生物分子。遷移體提供了一種整合和傳遞時(shí)空化學(xué)信息的機(jī)制，用于細(xì)胞間的交流。目前關(guān)于遷移體的中標(biāo)項(xiàng)目逐漸增多，遷移體的功能和機(jī)理研究仍待發(fā)掘，因此不失為基金申請(qǐng)的好方向。下圖為2023年部分遷移體中標(biāo)項(xiàng)目的題目：
那么，如何在課題中引入和研究遷移體呢？下面，作者通過(guò)一篇最近的新高分文章解讀來(lái)了解。
遷移體是最近發(fā)現(xiàn)的細(xì)胞器，它形成于遷移細(xì)胞后緣的RFs的末端或分支點(diǎn)上。先前，作者發(fā)現(xiàn)整合素在遷移體形成部位的募集對(duì)遷移體的生物發(fā)生至關(guān)重要。在這項(xiàng)研究中，作者發(fā)現(xiàn)在遷移體形成之前，PIP5K1A(一種將PI4P轉(zhuǎn)化為PI(4,5)P2的PI4P激酶)被募集到遷移體形成位點(diǎn)。PIP5K1A的募集導(dǎo)致在遷移體形成位點(diǎn)產(chǎn)生PI(4,5)P2。一旦積累，PI(4,5)P2通過(guò)與Rab35的C端多堿性簇相互作用將Rab35招募到遷移體形成位點(diǎn)。作者進(jìn)一步證明，活性Rab35通過(guò)在遷移體形成位點(diǎn)募集和聚集整合素α5來(lái)促進(jìn)遷移體的形成，這可能是由整合素α5和Rab35之間的相互作用介導(dǎo)。該研究確定了協(xié)調(diào)遷移體生物形成的上游信號(hào)通路，于2023年8月發(fā)表在《Journal of Cell Biology》，IF = 44.1。
研究思路
主要研究結(jié)果
1. PIP5K1A在遷移體形成位點(diǎn)產(chǎn)生PI(4,5)P2
之前，作者發(fā)現(xiàn)PI(4,5)P2的探針PLCγ-PH-TagBFP可以標(biāo)記遷移體，作者在這里證實(shí)了這一點(diǎn)(圖1A)。使用抗PI(4,5)P2抗體對(duì)細(xì)胞進(jìn)行染色也顯示遷移體中PI(4,5)P2信號(hào)的富集(圖1B)。這些結(jié)果表明遷移體含有PI(4,5)P2。為了研究PI(4,5)P2在遷移體上的動(dòng)態(tài)分布，作者進(jìn)行了延時(shí)成像發(fā)現(xiàn)PI(4,5)P2的探針PLCγ-PH-TagBFP在TSPAN4之前被募集到遷移體(圖1C)。接下來(lái)，作者比較了PLCγ-PH-TagBFP與整合素α5的動(dòng)態(tài)關(guān)系。作者發(fā)現(xiàn)PLCγ-PH-TagBFP的募集速度略快于整合素α5(圖1D, E)。這些數(shù)據(jù)表明在遷移體生長(zhǎng)之前，PI(4,5)P2在遷移體形成部位產(chǎn)生或聚集。PI4P激酶可將PI4P轉(zhuǎn)化為PI(4,5)P2，從而產(chǎn)生PI(4,5)P2。為了檢測(cè)PI4P激酶是否參與遷移體形成部位PI(4,5)P2的生成，作者對(duì)細(xì)胞進(jìn)行了染色，作者發(fā)現(xiàn)PIP5K1A定位在遷移體上(圖1F)。同樣，異位表達(dá)的PIP5K1A-GFP定位在遷移體上，延時(shí)成像顯示PIP5K1A-GFP被招募到遷移體形成的位置，比TSPAN4的招募要早(圖1G)。這與PI(4,5)P2信號(hào)的外觀一致(圖1C)。
接下來(lái)，作者測(cè)試了PIP5K1A是否在遷移體形成位點(diǎn)負(fù)責(zé)PI(4,5)P2的生成。使用PIP5K1A抑制劑ISA2011B處理細(xì)胞，發(fā)現(xiàn)ISA2011B處理阻斷了遷移體的形成(圖1H, I)。為了進(jìn)一步證實(shí)PI(4,5)P2是遷移體形成所必需的，在PIP5K1A敲除(KO)細(xì)胞中，遷移體的形成明顯減少，而異位表達(dá)的野生型(WT) PIP5K1A恢復(fù)了遷移體的形成(圖1J, K)。這表明PIP5K1A的酶活性是遷移體形成所必需的，并進(jìn)一步證明PI(4,5)P2的水平是遷移體形成的決定因素。總之，這些結(jié)果表明PIP5K1A在遷移體形成部位產(chǎn)生PI(4,5)P2是遷移體生物發(fā)生所必需的。由于PI(4,5)P2可以被脂質(zhì)磷酸酶水解，作者接下來(lái)研究了已知PI(4,5)P2磷酸酶的定位，發(fā)現(xiàn)PLCD3定位在遷移體上為了進(jìn)一步測(cè)試PI(4,5)P2在遷移體形成中的作用，作者構(gòu)建了PLCD3 KO細(xì)胞系。在該細(xì)胞系中，遷移體的形成明顯增強(qiáng)，PLCD3的異位表達(dá)使遷移體的形成恢復(fù)到正常水平?？傊?，這些證實(shí)PI(4,5)P2在遷移體形成中的作用。
圖1 PIP5K1A在遷移體形成位點(diǎn)產(chǎn)生PI(4,5)P2。
2. PI(4,5)P2將Rab35招募到遷移體的形成位點(diǎn)
接下來(lái)，作者研究了PI(4,5)P2如何調(diào)控遷移體的形成。作者推斷PI(4,5)P2可能通過(guò)募集PI(4,5)P2結(jié)合蛋白調(diào)控遷移體的形成，而這些蛋白是遷移體形成所必需的。為了篩選可能定位于遷移體的PI(4,5)P2結(jié)合蛋白，作者首先編制了大鼠基因組中所有PI(4,5)P2結(jié)合蛋白的列表。接下來(lái)，作者將此列表與遷移體中的蛋白質(zhì)列表進(jìn)行比較，作者之前通過(guò)純化遷移體的質(zhì)譜(MS)分析發(fā)現(xiàn)了23個(gè)PI(4,5) P2結(jié)合蛋白MS列表，包括Rab35(圖2a)。然后，作者為其中的19個(gè)蛋白生成了mcherry標(biāo)記的構(gòu)建體，并發(fā)現(xiàn)其中一些蛋白定位在遷移體上。在這些蛋白中，作者選擇Rab35進(jìn)行進(jìn)一步的研究，因?yàn)镽ab35在細(xì)胞器生物發(fā)生中起著關(guān)鍵作用。
首先用抗Rab35抗體染色細(xì)胞來(lái)證實(shí)Rab35的募集。作者發(fā)現(xiàn)內(nèi)源性Rab35確實(shí)定位于遷移體和沿著RFs的小點(diǎn)上(圖2B)。同樣，異位表達(dá)的mCherry-Rab35定位于遷移體和遷移體形成位點(diǎn)(圖2C)。為了研究Rab35招募的動(dòng)態(tài)，作者使用mCherry-Rab35進(jìn)行了延時(shí)成像(圖2D)，發(fā)現(xiàn)Rab35信號(hào)首先沿RFs均勻擴(kuò)散分布。在遷移體形成之前，Rab35信號(hào)逐漸集中在分支點(diǎn)，并變得更加強(qiáng)烈。最終，Rab35陽(yáng)性點(diǎn)開始擴(kuò)大并長(zhǎng)成遷移體(圖2D)。這些結(jié)果表明Rab35在遷移體生物發(fā)生之前被募集到遷移體形成的位點(diǎn)。接下來(lái)，作者測(cè)試了Rab35在遷移體形成位點(diǎn)的募集是否依賴于PI(4,5)P2。作者用PIP5K1A抑制劑ISA2011B處理細(xì)胞，觀察到Rab35在遷移體形成位點(diǎn)的募集受損(圖2E, F)。同樣，在PIP5K1A KO細(xì)胞中，Rab35未能被募集到遷移體形成位點(diǎn)(圖2G, H)。這些結(jié)果證實(shí)Rab35的募集依賴于PI(4,5)P2。
圖2 PI(4,5)P2將Rab35招募到遷移體的形成位點(diǎn)
3. Rab35是遷移體形成的必要條件
接下來(lái)，為了測(cè)試Rab35是否需要遷移體的形成，作者產(chǎn)生了Rab35 KO細(xì)胞系。作者發(fā)現(xiàn)，Rab35的KO嚴(yán)重?fù)p害了遷移體的形成(圖3A, B)。有趣的是，Rab35的KO增加了RFs的數(shù)量和長(zhǎng)度(圖3A, C)。Rab35 KO細(xì)胞系中WT Rab35和組成型活性Rab35-q67l的穩(wěn)定表達(dá)挽救了遷移體的形成，而Rab35-s22n的顯性陰性突變體的穩(wěn)定表達(dá)未能挽救遷移體的形成(圖3D, F)。這些結(jié)果表明，活性Rab35是遷移體形成所必需的。先前的文獻(xiàn)表明，PI(4,5)P2通過(guò)與其C端多堿性氨基酸團(tuán)簇(由一段帶正電的賴氨酸和精氨酸殘基組成)相互作用將Rab35招募到質(zhì)膜上當(dāng)作者用非極性中性氨基酸Ala (Rab35-7a)取代多堿性氨基酸簇時(shí)，作者發(fā)現(xiàn)突變體Rab35不能被招募到遷移體中，也不能挽救遷移體的形成(圖3D, E)。為了進(jìn)一步證實(shí)Rab35在遷移體形成中的作用，作者建立了穩(wěn)定表達(dá)WT Rab35、顯性陰性Rab35-s22n和組成活性Rab35-q67l的細(xì)胞系。與拯救實(shí)驗(yàn)一致，作者發(fā)現(xiàn)過(guò)表達(dá)WT Rab35和組成活性Rab35-q67l增強(qiáng)了遷移體的形成，而表達(dá)顯性陰性的Rab35-s22n減少了遷移體的形成。此外，表達(dá)顯性陰性的Rab35-s22n增強(qiáng)遷移體形成(圖3F)。綜上所述，這些數(shù)據(jù)表明Rab35在調(diào)節(jié)RFs長(zhǎng)度和遷移體形成中起重要作用。
圖3 Rab35是遷移體形成所必需的
4. Rab35通過(guò)靶向整合素α5促進(jìn)遷移體的形成
最后，作者研究了Rab35如何促進(jìn)遷移體的形成。先前的文獻(xiàn)表明Rab35是整合素運(yùn)輸所必需的，因此作者選擇研究整合素和Rab35之間的關(guān)系。先前作者發(fā)現(xiàn)整合素異源二聚體與細(xì)胞外基質(zhì)(ECM)蛋白的配對(duì)決定遷移體的形成具體來(lái)說(shuō)，作者發(fā)現(xiàn)當(dāng)細(xì)胞在包被特定ECM蛋白的培養(yǎng)皿中生長(zhǎng)時(shí)，可以與特定ECM蛋白結(jié)合的整合素異二聚體在遷移體形成位點(diǎn)高度富集，并在遷移體的生物發(fā)生中發(fā)揮重要作用。在纖維連接蛋白上生長(zhǎng)的細(xì)胞中，整合素α5β1在遷移體中高度富集。在WT細(xì)胞中，大部分整合素α5集中在遷移體上，縮回纖維中很少有整合素α5。相反，作者發(fā)現(xiàn)在Rab35 KO細(xì)胞中，ITGα5-GFP不是集中在遷移體形成部位，而是沿RFs均勻彌散分布(圖4A-C)。這表明在Rab35缺失的情況下，整合素對(duì)遷移體形成位點(diǎn)的靶向作用受損。接下來(lái)，作者研究了rab35依賴性募集ITGα5-GFP的分子機(jī)制。先前的報(bào)道表明，所有整合素α亞基都可以通過(guò)保守的膜-近端GFFKR基序與Rab21結(jié)合，該基序也存在于整合素α5.14中。作者想知道Rab35是否可以通過(guò)該基序與整合素α5結(jié)合。為了驗(yàn)證這一假設(shè)，作者制作了一個(gè)整合素α5突變蛋白，GFFKR突變?yōu)锳AAAA (1-5A)。作為對(duì)照，作者還生成了另外4個(gè)突變體，其中整合素α5細(xì)胞質(zhì)部分的4組連續(xù)5個(gè)氨基酸突變?yōu)锳AAAA (2-5A, 3-5A, 4-5A, 5-5A)(圖4D)?？傊?，這些突變體覆蓋了大部分整合素α5細(xì)胞質(zhì)結(jié)構(gòu)域。作者發(fā)現(xiàn)GFFKR/AAAAA (1-5A)突變體對(duì)遷移體形成位點(diǎn)的靶向性受損(圖4E, F)。這表明GFFKR基序是將整合素α5靶向到遷移體形成位點(diǎn)所必需的，可能是通過(guò)影響與Rab35的關(guān)聯(lián)。
接下來(lái)，作者想直接測(cè)試Rab35和整合素α5之間可能的相互作用。使用雙色熒光相互關(guān)聯(lián)光譜(dcFCCS)捕捉Rab35與整合素α5的胞質(zhì)結(jié)構(gòu)域(ITGα5-cyto)之間的相互作用(圖4)。作者首先純化了GFP-Rab35-WT和GFPRab35-Q67L(組成型活性突變體)蛋白，合成了用熒光團(tuán)Cy5 (Cyanine5)標(biāo)記的ITGα5-cyto-WT和ITGα5-cyto-1-5A。當(dāng)GFP-Rab35-WT與Cy5-ITGα5-cyto-WT或Cy5熒光團(tuán)混合時(shí)，兩者均未表現(xiàn)出顯著的互相關(guān)信號(hào)(圖4H)，說(shuō)明WT-Rab35與Cy5-ITGα5-cyto-WT沒有結(jié)合。而本構(gòu)活性突變體GFP-Rab35-Q67L在類似實(shí)驗(yàn)條件下與Cy5-ITGα5-cytoWT表現(xiàn)出較強(qiáng)的相互關(guān)聯(lián)信號(hào)(圖4H)，表明GFP-Rab35-Q67L可以結(jié)合Cy5-ITGα5-cyto-WT。相比之下，GFP-Rab35-Q67L與Cy5-ITGα5-cyto-1-5A沒有交叉相關(guān)信號(hào)(圖4H)，這表明整合素α5的胞質(zhì)結(jié)構(gòu)域與Rab35的活性形式結(jié)合需要GFFKR基序。值得注意的是，重組GFP-Rab35-WT是從大腸桿菌中純化出來(lái)的，因此應(yīng)該處于失活狀態(tài)。作為對(duì)照，作者還測(cè)試了GFP-Rab35-S22N與Cy5-ITG-α5-cyto-WT的結(jié)合，發(fā)現(xiàn)GFP-Rab35-S22N與Cy5-ITG-α5-cyto-WT之間沒有結(jié)合。這些數(shù)據(jù)表明，活性Rab35可以通過(guò)GFFKR基序結(jié)合到整合素α5的細(xì)胞質(zhì)結(jié)構(gòu)域。作者推斷，如果Rab35通過(guò)與整合素α5的GFFKR基序相互作用將整合素α5招募到遷移體的形成位點(diǎn)，那么將含有GFFKR基序的整合素α5衍生肽加載到細(xì)胞中應(yīng)該會(huì)競(jìng)爭(zhēng)性地抑制Rab35介導(dǎo)的整合素α5招募到遷移體的形成位點(diǎn)，從而減少遷移體的形成。事實(shí)上，作者發(fā)現(xiàn)用質(zhì)膜滲透肽Tat-ITGα5-cyto-WT處理細(xì)胞減少了整合素對(duì)遷移體形成部位的靶向和遷移體的形成。相比之下，用GFFKR/AAAAA突變肽處理細(xì)胞未能阻斷整合素靶向或遷移體的形成(圖4I-L)。這些結(jié)果表明Rab35通過(guò)將整合素靶向到遷移體形成位點(diǎn)來(lái)促進(jìn)遷移體的形成。
圖4 Rab35通過(guò)靶向整合素α5促進(jìn)遷移體的形成
5. PI(4,5)P2-Rab35軸在生理上調(diào)控遷移體的形成，并且在進(jìn)化上是保守的
最后，作者測(cè)試了PI(4,5)P2-Rab35軸是否在不同環(huán)境下調(diào)節(jié)遷移體的形成。作者首先測(cè)試了BJ細(xì)胞，這是一種從新生兒男性正常包皮皮膚上建立的成纖維細(xì)胞系。作者發(fā)現(xiàn)，用PIP5K1A抑制劑ISA2011B(圖5A, B)或敲低PIP5K1A(圖5C, D)處理BJ細(xì)胞，會(huì)顯著損害遷移體的形成。此外，用Tat-ITGα5-cyto-WT處理BJ細(xì)胞，可以阻斷遷移體的形成(圖5E, F)。這些觀察結(jié)果表明，PI(4,5)P2-Rab35軸對(duì)遷移體形成的調(diào)節(jié)在人類細(xì)胞中是保守的。最后，作者在體內(nèi)測(cè)試了PI(4,5)P2-Rab35軸是否調(diào)控遷移體的形成。以前，作者報(bào)道斑馬魚在胚胎發(fā)育過(guò)程中形成遷移體。這里，作者發(fā)現(xiàn)與GFFKR/AAAAA突變肽相比(圖5K, L)，用PIP5K1A抑制劑(圖5G, H)處理斑馬魚胚胎可以顯著減少遷移體的形成。此外，使用反義morpholino寡核苷酸(MO)敲除Rab35可顯著降低斑馬魚胚胎中遷移體的形成(圖5I, J)。總之，這些發(fā)現(xiàn)表明PI(4,5)P2-Rab35軸在一系列生理環(huán)境中調(diào)節(jié)遷移體的形成，并且在不同的脊椎動(dòng)物中是保守的。
圖5 PI(4,5)P2-Rab35軸在生理上調(diào)控遷移體的形成，并且在進(jìn)化上是保守的
討論
作者提出調(diào)節(jié)遷移體生物發(fā)生的信號(hào)事件的臨時(shí)模型(圖5)。PIP5K1A的募集和遷移體形成位點(diǎn)上PI(4,5)P2的重新合成可能是遷移體形成的觸發(fā)信號(hào)。一旦PI(4,5)P2達(dá)到濃度閾值，活性Rab35通過(guò)其多堿性簇被招募到遷移體形成部位。然后，Rab35作為適配器將整合素募集到遷移體形成位點(diǎn)。因此，活性Rab35和整合素之間的相互作用為遷移體的形成創(chuàng)造了必要的粘附點(diǎn)。
細(xì)胞器的生物發(fā)生通常受到信號(hào)通路的嚴(yán)格調(diào)控。在許多情況下，脂質(zhì)激酶是這些信號(hào)級(jí)聯(lián)反應(yīng)的核心，它將代謝、機(jī)械和其他信號(hào)結(jié)合起來(lái)，啟動(dòng)特定細(xì)胞器的生物發(fā)生。這項(xiàng)研究結(jié)果揭示了PI(4,5)P2-Rab35軸在遷移體形成中的重要作用。遷移體可以添加到越來(lái)越多的細(xì)胞器列表中，其生物發(fā)生由磷酸肌苷信號(hào)控制。此外，作者的數(shù)據(jù)表明，遷移體的形成是一個(gè)受信號(hào)通路嚴(yán)格調(diào)控的主動(dòng)生物發(fā)生過(guò)程，而不是一個(gè)膜脫落過(guò)程，在這個(gè)過(guò)程中，膜碎片被動(dòng)地從遷移細(xì)胞的后緣丟失。作者發(fā)現(xiàn)PIP5K1A在遷移體形成之前被招募到遷移體形成的部位，這個(gè)過(guò)程中的分子機(jī)制仍不清楚，可能是由遷移體形成部位的特定脂質(zhì)/蛋白質(zhì)組成決定的;也有可能生物物理特性，如膜曲率，可能有助于PIP5K1A的優(yōu)先招募。未來(lái)的研究需要解決這個(gè)重要的問(wèn)題。PIP5K1A募集后PI(4,5)P2的快速積累，表明至少有一部分遷移體形成位點(diǎn)上的PI(4,5)P2是由位于這些位點(diǎn)的PIP5K1A重新合成的。遷移體上高度富集的PI(4,5)P2不會(huì)擴(kuò)散到RFs上，這表明遷移體形成部位可能具有獨(dú)特的特性，有利于PI(4,5)P2的駐留。作者推測(cè)，從頭合成加上PI(4,5)P2的駐留可能解釋了PI(4,5)P2在遷移體形成部位的快速積累。研究證實(shí)整合素α5靶向遷移體形成位點(diǎn)依賴于活性Rab35。dcFCCS分析表明，整合素α5的胞質(zhì)部分可以通過(guò)其GFFKR基序與活性Rab35相互作用。這些數(shù)據(jù)表明Rab35可能通過(guò)直接相互作用將整合素α5募集到遷移體形成位點(diǎn)。然而，Rab35與整合素α5的相互作用也有可能是間接的。除了整合素，Rab35可能還有其他效應(yīng)蛋白和銜接蛋白參與遷移體的生物發(fā)生。此外，Rab35的活性如何在遷移體的生物發(fā)生中受到調(diào)節(jié)尚不清楚。為了回答這些重要的問(wèn)題，未來(lái)的研究應(yīng)關(guān)注遷移體生物發(fā)生的復(fù)雜調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。
實(shí)驗(yàn)方法
細(xì)胞培養(yǎng)和轉(zhuǎn)染，免疫熒光，成像和圖像分析，蛋白純化，多肽合成，ITGα5-細(xì)胞肽標(biāo)記，dcFCCS測(cè)量和數(shù)據(jù)分析
參考文獻(xiàn)
Ding T, Ji J, Zhang W, Liu Y, Liu B, Han Y, Chen C, Yu L. The phosphatidylinositol (4,5)-bisphosphate-Rab35 axis regulates migrasome formation. Cell Res. 2023 Aug;33(8):617-627. doi: 10.1038/s41422-023-00811-5.