BloodChIP Xtra：血液中基因調(diào)控數(shù)據(jù)庫

       造血系統(tǒng)是脊椎動物最具特征的發(fā)育系統(tǒng)之一，是成體干細胞多譜系分化的模型系統(tǒng)。造血干細胞（HSC）通過其自我更新或分化為成熟細胞類型的能力來維持循環(huán)血細胞的產(chǎn)生。最原始的HSC具有多譜系潛力，但會產(chǎn)生譜系限制增加的祖細胞。然而，控制人類成年HSC及其后代身份的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的組成部分和層次結(jié)構(gòu)，以及它們在白血病細胞中被劫持或重新激活的機制，仍不完全清楚。

       譜系決定轉(zhuǎn)錄因子（TF）及其結(jié)合和調(diào)節(jié)的基因組區(qū)域是控制細胞身份的關(guān)鍵組成部分。了解轉(zhuǎn)錄因子如何在造血干細胞和祖細胞分化過程中相互合作并與其他基因組調(diào)節(jié)因子相互作用以調(diào)節(jié)基因表達，是提高我們對正常血液發(fā)育以及這些過程在白血病中如何被破壞的理解的關(guān)鍵。

       BloodChIP-Xtra是一個用戶友好的數(shù)據(jù)庫，有助于全基因組探索和可視化罕見的原代人類造血干細胞（HSC-MPP）和祖細胞（CMP、GMP、MEP）以及急性髓系白血病（AML）細胞系（KG-1、ME-1、Kasumi1、TSU-1621-MT）中的轉(zhuǎn)錄因子（TF），以及來自這些和原發(fā)性患者AML的染色質(zhì)可及性和基因表達數(shù)據(jù)。用戶可以導(dǎo)出所有查詢以及完整的數(shù)據(jù)庫，以便進行進一步的數(shù)據(jù)分析。 http://bloodchipxtra.vafaeelab.com/

l  SEARCH-按照基因名

       首先，選擇需要展示的轉(zhuǎn)錄因子和表觀修飾基因，以及細胞類型：

       然后，數(shù)據(jù)基因列表，格式如下：

       點擊“Search”進行搜索后，結(jié)果會在下方進行展示：

       點擊結(jié)果中的藍色字體可以查看該結(jié)果下的詳細信息，如“TF”：

       點擊下方的“Export XXX”即可將搜索結(jié)果以csv格式進行下載。

II  SEARCH-按照轉(zhuǎn)錄因子

       除根據(jù)基因名進行搜索，還可以根據(jù)轉(zhuǎn)錄因子進行搜索。點擊“Add Filter”添加感興趣的基因后，點擊“Apply Filter”：

       結(jié)果中將展示由以上轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控的所有基因：