Lnc2Cancer 3.0：基于RNA-seq和scRNA-seq數(shù)據(jù)的腫瘤lncRNA/circRNA數(shù)據(jù)庫

       癌癥是一個(gè)重大的公共衛(wèi)生問題，也是全球發(fā)病率和死亡率的主要原因。在過去的幾十年中，人們發(fā)現(xiàn)了RNA分子的新細(xì)胞作用。已經(jīng)確定，癌癥病理學(xué)中基因表達(dá)的動(dòng)態(tài)非常復(fù)雜。長(zhǎng)鏈非編碼 RNA（lncRNA） 作為癌癥生物標(biāo)志物，用于早期篩查、診斷、預(yù)后和治療反應(yīng)分析，越來越受到關(guān)注。環(huán)狀 RNA （circRNA）是非編碼癌癥基因組的一個(gè)新成員，具有獨(dú)特的特性和多種細(xì)胞功能。

       人們對(duì)人類lncRNA和circRNA的興趣日益濃厚，以及高通量和單細(xì)胞技術(shù)的出現(xiàn)，導(dǎo)致癌癥相關(guān)lncRNA和circRNA的數(shù)量迅速增加。值得注意的是，癌癥相關(guān)的lncRNA和circRNAs可根據(jù)其調(diào)控機(jī)制、生物學(xué)功能或臨床應(yīng)用分為不同的組。lncRNA 和 circRNA 在涉及增強(qiáng)子、遺傳變異、microRNA （miRNA） 相互作用、轉(zhuǎn)錄因子（TF）和甲基化修飾的癌癥相關(guān)調(diào)控機(jī)制中的作用也得到了廣泛研究。此外，癌癥相關(guān)lncRNA和circRNA的新型生物學(xué)功能已經(jīng)出現(xiàn)。近年來，越來越多的證據(jù)表明，lncRNA 和 circRNA 在細(xì)胞生長(zhǎng)、細(xì)胞凋亡、自噬、上皮間充質(zhì)轉(zhuǎn)化（EMT）、免疫和編碼能力中發(fā)揮重要作用。此外，有人提出 lncRNA 和 circRNA 可以作為外泌體循環(huán)、耐藥性、癌癥預(yù)后、轉(zhuǎn)移和復(fù)發(fā)的非侵入性生物標(biāo)志物。

       高通量RNA測(cè)序（RNA-seq）已成為轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析的有力方法。它被廣泛用于研究 lncRNA 的功能和生物學(xué)模式、尋找候選藥物靶標(biāo)以及識(shí)別癌癥分類和診斷的生物標(biāo)志物。在單細(xì)胞水平上涉及組織解離和高通量測(cè)序的技術(shù)的最新進(jìn)展使單細(xì)胞 RNA 測(cè)序 （scRNA-seq） 數(shù)據(jù)集的生成成為可能，這些數(shù)據(jù)集已越來越多地被存放到公共領(lǐng)域。大量的scRNA-seq和RNA-seq數(shù)據(jù)為數(shù)據(jù)挖掘和更深入地理解lncRNA功能創(chuàng)造了新的機(jī)會(huì)。開發(fā)快速且可定制的lncRNA分析和可視化方法是癌癥研究的一個(gè)關(guān)鍵問題。方便高效的網(wǎng)絡(luò)工具可以填補(bǔ)癌癥相關(guān)lncRNA數(shù)據(jù)與向最終用戶提供綜合信息之間的空白，從而利用當(dāng)前的lncRNA數(shù)據(jù)資源來研究人類癌癥。Lnc2Cancer 3.0（http://www.bio-bigdata.net/lnc2cancer）整合了lncRNA、circRNA 和癌癥之間關(guān)系的重要資源。

       Lnc2Cancer 3.0鑒定出15 878個(gè)lncRNA、33種癌癥類型、9664個(gè)腫瘤和711個(gè)正常對(duì)照樣本。

       建立了RNA-seq工具的九種功能：（i）通用功能允許用戶在涉及癌癥相關(guān)lncRNA的低通量和高通量實(shí)驗(yàn)之間構(gòu)建串?dāng)_。它提供了有關(guān)亞細(xì)胞定位、功能、基因本體注釋、癌癥和正常組織中的平均表達(dá)以及各種癌癥中特定 lncRNA 的箱線圖的一般信息;（ii） DEA 功能使用戶能夠利用各種自定義統(tǒng)計(jì)方法和特定癌癥閾值獲得差異 lncRNA 表達(dá)分析和熱圖;（iii） 箱線圖功能生成帶有自定義顏色的箱形圖，用于比較癌癥和正常樣本中特定 lncRNA 的表達(dá);（iv） 階段圖功能根據(jù)主要和詳細(xì)的病理階段生成特定 lncRNA 的表達(dá)小提琴圖;（v） 生存功能根據(jù)特定 lncRNA 的中位數(shù)和分位數(shù)表達(dá)值進(jìn)行總生存期 （OS） 或無病生存期 （DFS） 分析;（vi） 相似功能使用輸入的 lncRNA 和選定的癌癥類型識(shí)別具有相似表達(dá)模式的 lncRNA 列表;（vii） 相關(guān)功能提供基于自定義方法（包括 Pearson、Spearman 和 Kendall）的兩種癌癥相關(guān) lncRNA 的 lncRNA 表達(dá)相關(guān)性分析;（viii） 網(wǎng)絡(luò)功能提供有關(guān) miRNA-lncRNA 和 mRNA-lncRNA 共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的信息;（ix） TF 基序功能預(yù)測(cè)特定 lncRNA 的 TF 基序，并提供 TF 基序序列 LOGO 圖。