RNA測序鑒定新的lncRNA作為結直腸癌的診斷標志物1
RNA測序鑒定新的lncRNA作為結直腸癌的診斷標志物1
長鏈非編碼RNA（lncRNA）雖然已經(jīng)被應用到人體病理學中，但是其在結直腸癌發(fā)生過程中的功能作用卻還不完全清楚。為了研究lncRNA在結直腸癌發(fā)生過程中的所發(fā)揮的作用，作者通過RNA測序的方法分析3對結直腸癌和配對正常粘膜組織的全轉錄組。結合TCGA數(shù)據(jù)集，作者鑒定出了27個表達上調(diào)的和22個表達下調(diào)的lncRNA。并采用RT-PCR驗證了4個表達上調(diào)的lncRNA（CRCAL-1，CRCAL-2，CRCAL-3和CRCAL-4）在139個結直腸癌組織和配對的正常粘膜組織中的表達。在結腸癌細胞中敲除CRCAL-3和CRCAL-4，能降低細胞活性和克隆形成能力，誘導細胞周期停滯。通過對TCGA的結腸癌數(shù)據(jù)進行分析，作者發(fā)現(xiàn)CRCAL-3和CRCAL-4與細胞周期相關，并利用RNA測序數(shù)據(jù)構建了差異表達的lncRNA和mRNA的共表達網(wǎng)絡圖。
技術路線圖：
研究結果：
圖1 RNA測序（左圖）和TCGA結腸癌數(shù)據(jù)（右圖）的熱圖分析。
圖2 RT-PCR 驗證CRCAL-1，CRCAL-2，CRCAL-3和CRCAL-4在139個結直腸癌組織中的表達。
圖3 在結腸癌細胞HCT116和SW620中敲除CRCAL-3和CRCAL-4后，檢測對細胞的的影響。
圖4 利用TCGA數(shù)據(jù)集分析CRCAL-3和CRCAL-4，并構建RNA測序得到的差異lncRNA和mRNA的共表達網(wǎng)絡圖。
1.Yamada, A., P. Yu, W. Lin, et al., A RNA-Sequencing approach for the identification of novel long non-coding RNA biomarkers in colorectal cancer. Sci Rep, 2018. 8(1): p. 575.
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