缺氧信號(hào)通路PCR芯片 Hypoxia Signaling Pathway PCR Array
缺氧信號(hào)通路PCR芯片 Hypoxia Signaling Pathway PCR Array
缺氧信號(hào)通路PCR芯片 Hypoxia Signaling Pathway PCR Array
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缺氧信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路PCR芯片可檢測(cè)響應(yīng)低氧水平的84個(gè)基因的表達(dá)，可用于研究實(shí)驗(yàn)樣品中缺氧信號(hào)通路的活性狀況。氧氣對(duì)有氧能量代謝過(guò)程，如氧化磷酸化是必須的。在真核細(xì)胞中，通過(guò)細(xì)胞缺氧誘導(dǎo)因子（HIF）轉(zhuǎn)錄激活缺氧信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路，從而形成缺氧條件。HIF異二聚體由一個(gè)β亞基和表達(dá)受到嚴(yán)格調(diào)控的三個(gè)α亞基異構(gòu)體中的一個(gè)組成。氧的存在激活羥脯氨酰羥化酶，催化HIF羥基化，并導(dǎo)致其多聚泛素化和降解。在缺氧條件下，羥脯氨酰羥化酶失活，允許HIF聚集，啟動(dòng)靶基因的表達(dá)。缺氧誘導(dǎo)靶基因表達(dá)介導(dǎo)多種生物功能，如血管生成，造血和維護(hù)血管張力，為組織提供或更新血液和氧氣。缺氧信號(hào)失調(diào)通常發(fā)生在腫瘤血管生成和慢性炎癥等疾病中。聯(lián)合應(yīng)用多種實(shí)驗(yàn)方法，如表達(dá)研究，染色質(zhì)免疫沉淀（ChIP），以及生物信息學(xué)分析預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)，已經(jīng)找到了數(shù)以百計(jì)的HIF靶基因。芯片中包含了HIF信號(hào)轉(zhuǎn)錄因子、HIF相互作用的蛋白、多種方法找到的高度相關(guān)的HIF靶基因，以及16個(gè)實(shí)驗(yàn)得到的與缺氧信號(hào)通路有關(guān)的關(guān)鍵生物標(biāo)記物基因。通過(guò)這16個(gè)基因的相對(duì)表達(dá)水平和分類算法可以得到一個(gè)通路活性分?jǐn)?shù)，這個(gè)分?jǐn)?shù)可用于分辨實(shí)驗(yàn)樣本缺氧信號(hào)通路的活性狀況。通過(guò)實(shí)時(shí)定量PCR的方法，研究者即能夠利用該芯片簡(jiǎn)單可靠地同時(shí)檢測(cè)缺氧信號(hào)通路的活性，分析缺氧信號(hào)通路相關(guān)的基因表達(dá)。 HIF1 & Co-Transcription Factors: ARNT, COPS5, HIF1A, HIF1AN, HIF3A, HNF4A, NCOA1, PER1. Other HIF1 Interactors: APEX1, EGLN1, EGLN2, NFKB1, P4HA1, P4HB, TP53. Responsive Genes: Angiogenesis: ADORA2B, ANGPTL4, ANXA2, EGR1, EDN1, EPO, F3, GPI, HMOX1, JMJD6, LOX, MMP9, PGF, PLAU (uPA), SERPINE1 (PAI-1), VEGFA. Coagulation: ALDOA, ANXA2, F10, F3, F3, PLAU (uPA), SERPINE1 (PAI-1), SLC16A3. DNA Damage Signaling & Repair: ATR, MIF, NDRG1, RUVBL2. Metabolism: ALDOA, DDIT4 (REDD1), ENO1, ERO1L, GBE1, GPI, GYS1, HK2, LDHA, PDK1, PFKFB3, PFKFB4, PFKL, PFKP, PGK1, PKM2, SLC2A1, SLC2A3, TPI1. Regulation of Apoptosis: ADM, BNIP3, BNIP3L, DDIT4 (REDD1), IER3, MIF, NOS3 (eNOS), PIM1. Regulation of Cell Proliferation: ADM, BLM, CCNG2, EGR1, IGFBP3, MET, MIF, MXI1, NAMPT, NOS3 (eNOS), ODC1, PGF, PIM1, TXNIP. Transcription Factors: BHLHE40, FOS, RBPJ, USF2. Transporters, Channels & Receptors: SLC2A1, SLC2A3, SLC16A3, TFRC, VDAC1. Other Responsive Genes: ANKRD37, CA9, CTSA, DNAJC5, EIF4EBP1, LGALS3, MAP3K1. Pathway Activity Signature Genes: ALDOC, ANGPTL4, ANKRD37, BHLHE40, BNIP3, BNIP3L, CA9, FAM162A, HK2, LDHA, NDRG1, P4HA1, PFKFB4, PGK1, SLC2A3, VEGFA. |
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