lncRNA/circRNA/trf RNA 功能分析實驗
功能實驗 1、LncRNA定量PCR 2、LncRNA原位雜交 3、5’-RACE, 3’-RACE實驗(lncRNA全長擴增實驗) 4、lncRNA干擾實驗 5、lncRNA過表達實驗 需要先通過5’-RACE實驗找到lncRNA轉(zhuǎn)錄起始位點 6、lncRNA細(xì)胞功能實驗 細(xì)胞增殖、細(xì)胞凋亡、細(xì)胞周期、細(xì)胞遷移 生物信息學(xué)分析 一、差異lncRNA靶基因預(yù)測 lncRNA的靶基因較為復(fù)雜,主要分為正式和反式兩種作用機制.lncRNA作用機制與miRNA類似,均可以通過調(diào)控相應(yīng)的mRNA來行使功能,所以靶基因的預(yù)測在科學(xué)研究中都顯得非常必要。 二、靶基因Gene Ontology分析 我們將靶基因向gene ontology數(shù)據(jù)庫的各節(jié)點映射,計算每個節(jié)點的基因數(shù)目. 三、靶基因Pathway分析 信號通路分析需要完備的注釋信息支持，通過整合KEGG、Biocarta、Reactome等多個數(shù)據(jù)庫的信息可以精確檢驗來進行Pathway的顯著性分析。 四、lncRNA與調(diào)控基因的表達機制 通過整合lncRNA的信息和靶基因之間的關(guān)系,我們可以得到一個lncRNA與靶基因之間的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)圖. 五、 轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點預(yù)測 對于差異表達lncRNA，提取轉(zhuǎn)錄起始位點上下游序列,使用預(yù)測程序?qū)ζ滢D(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點進行預(yù)測. 六、基因關(guān)聯(lián)分析 現(xiàn)在市面上的lncRNA芯片均含有mRNA的表達探針,通過將lncRNA的靶基因分析結(jié)果與芯片上mRNA的表達結(jié)果做關(guān)聯(lián)分析,可以更進一步的分析lncRNA的功能。 七、信號通路調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建（Pathway-Act-Network）： 實驗中基因同時參與了很多Pathway，通過構(gòu)建信號通路調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，從宏觀層面看到Pathway之間的信號傳遞關(guān)系，在多個顯著性Pathway中發(fā)現(xiàn)受實驗影響的核心Pathway，以及實驗影響的信號通路之間的調(diào)控機理。 八、lncRNA的功能分析 根據(jù)lncRNA最新的功能數(shù)據(jù)庫，利用生物信息學(xué)工具，做出Function-Tar-Net圖表，從而得出lncRNA與功能的關(guān)系。 |
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