表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù)分析，microRNA芯片數(shù)據(jù)分析

       本公司具體經(jīng)驗(yàn)豐富的生物信息學(xué)分析人員，可為客戶提供芯片（基因表達(dá)譜芯片，mciroRNA芯片，長(zhǎng)鏈非編碼芯片，DNA甲基化芯片,chip-on-chip, microRNA-Seq,RNA-Seq數(shù)據(jù)深入挖掘分析）。

1、mRNA表達(dá)譜芯片分析項(xiàng)目
a)針對(duì)單組樣本時(shí)間序列實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的數(shù)據(jù)分析包括基因聚類分析、共表達(dá)分析。
b)針對(duì)兩組樣本時(shí)間序列實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的數(shù)據(jù)分析包括差異時(shí)間表達(dá)模式基因篩選。共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析包括共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建、子網(wǎng)絡(luò)聚類、子網(wǎng)絡(luò)GO和KEGG Pathway的富積分析。
d)轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析包括轉(zhuǎn)錄因子與靶標(biāo)基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建、差異基因在網(wǎng)絡(luò)中的映射展示。
e)差異表達(dá)基因與microRNA關(guān)聯(lián)分析包括預(yù)測(cè)microRNA的靶標(biāo)基因、尋找靶標(biāo)基因與差異表達(dá)基因相關(guān)關(guān)聯(lián)的microRNA。

2、microRNA表達(dá)譜芯片分析項(xiàng)目
a)差異表達(dá)microRNA的篩選和聚類分析
b)microRNA靶基因預(yù)測(cè)
c)microRNA與靶標(biāo)基因的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
d)microRNA與編碼蛋白基因共轉(zhuǎn)錄預(yù)測(cè)
e)microRNA與GO的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
f)microRNA與KEGG Pathway的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
g)microRNA甲基化位點(diǎn)預(yù)測(cè)
h)microRNA轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)
i)microRNA與轉(zhuǎn)錄因子相互調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
j)轉(zhuǎn)錄因子與microRNA靶標(biāo)基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
k)microRNA 、轉(zhuǎn)錄因子與靶標(biāo)基因三者復(fù)雜調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

3、長(zhǎng)鏈非編碼表達(dá)譜芯片分析項(xiàng)目
①共表達(dá)網(wǎng)路構(gòu)建
計(jì)算LncRNA與mRNA表達(dá)相關(guān)性，根據(jù)設(shè)定的域值篩選lncRNA與mRNA關(guān)系對(duì)，構(gòu)建LncRNA與mRNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)。
②lncRNA靶基因預(yù)測(cè)
基于lncRNA與mRNA表達(dá)相關(guān)性以及l(fā)ncRNA與mRNA基因組位置近鄰關(guān)系，得到lncRNA的潛在靶標(biāo)基因。
③lncRNA靶基因GO-Analysis基因功能顯著性分析
結(jié)合基因功能數(shù)據(jù)庫(kù)，并且通過分布統(tǒng)計(jì)計(jì)算，對(duì)差異表達(dá)的lncRNA靶標(biāo)基因進(jìn)行功能注釋以及功能富集分析，可以快速準(zhǔn)確發(fā)現(xiàn)目標(biāo)基因群的核心功能。
④lncRNA靶基因Pathway-Analysis信號(hào)通路顯著性分析
結(jié)合KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)，對(duì)差異表達(dá)的lncRNA靶標(biāo)基因信號(hào)通路顯著性分析，從而找到研究中發(fā)生顯著變化的信號(hào)通路。
⑤局部共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
研究lncRNA與mRNA的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)鋵W(xué)特性，基于度篩選網(wǎng)絡(luò)拓?fù)渖现匾膌ncRNA，這些lncRNA極有可能是與研究背景相關(guān)的lncRNA，如下是重要lncRNA與mRNA的局部共表達(dá)子網(wǎng)絡(luò)
⑥目的基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
客戶提供研究背景相關(guān)一組基因，根據(jù)表達(dá)相關(guān)性找出與這組基因相關(guān)的lncRNA，從而構(gòu)建出感興趣的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)。
⑦差異lncRNA調(diào)控分析
　LncRNA的分布特異性與時(shí)空特異性表明lncRNA轉(zhuǎn)錄過程也是受到嚴(yán)格調(diào)控的。通過提取差異lncRNA轉(zhuǎn)錄啟位點(diǎn)上游4kb,下游1kb的區(qū)域，進(jìn)行轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)及CpG島預(yù)測(cè)，從而發(fā)現(xiàn)可能調(diào)控LncRNA轉(zhuǎn)錄因子及可能的甲基化位點(diǎn)。

4、mRNA和microRNA表達(dá)譜芯片整合分析
a)利用Multi-Class Dif (RVM-F test)統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)篩選差異表達(dá)microRNA、mRNA
b)利用TargetScan等軟件預(yù)測(cè)差異表達(dá)microRNA的靶標(biāo)基因
c)利用DAVID軟件對(duì)差異表達(dá)microRNA的靶標(biāo)基因進(jìn)行GO功能集和KEGG Pathway的功能富積分析，篩選具有顯著GO功能集和KEGG Pathway的功能富積的靶標(biāo)基因，篩選靶標(biāo)基因與其microRNA表達(dá)顯著負(fù)相關(guān)性，最后構(gòu)建microRNA-Gene調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。
d)利用結(jié)合轉(zhuǎn)錄因子與DNA結(jié)合位點(diǎn)的序列特征和轉(zhuǎn)錄因子與microRNA表達(dá)相關(guān)性的顯著性方法構(gòu)建轉(zhuǎn)錄因子與microRNA的調(diào)控關(guān)系網(wǎng)絡(luò)，篩選重要轉(zhuǎn)錄因子（網(wǎng)絡(luò)度大于等于10）。構(gòu)建TF-microRNA-Gene的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)