1.分析流程圖
①利用統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)篩選差異表達(dá)microRNA
②利用GSEA統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)篩選差異功能集(gene set),利用STRINGS蛋白質(zhì)功能相關(guān)網(wǎng)絡(luò)針對每個差異功能集內(nèi)建立基因之間的相互關(guān)系,從而建立差異功能模塊(module)
GSEA的工作原理如圖:
③利用MicroCosm軟件預(yù)測microRNA的靶標(biāo)基因
④利用microRNA-Gene之間靶標(biāo)關(guān)系和表達(dá)量的顯著負(fù)相關(guān)關(guān)系構(gòu)建Module特異的microRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和microRNA與基因的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
①篩選差異基因功能集的結(jié)果如下:
基因功能集名稱 | 基因個數(shù) | FDR顯著性 |
KEGG_AMINOACYL_TRNA_BIOSYNTHESIS | 10 | <=0.001 |
KEGG_PROSTATE_CANCER | 9 | <=0.001 |
KEGG_ASTHMA | 5 | <=0.001 |
CELL_ACTIVATION | 6 | <=0.001 |
②microRNA靶標(biāo)預(yù)測結(jié)果
microRNA | 基因簡稱 |
miR-665 | Gon4l |
miR-665 | Lsg1 |
miR-665 | Mast2 |
miR-665 | Shisa4 |
miR-665 | Tmed3 |
③Module特異的microRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)樣式如下,其中包括miRNA與Module內(nèi)基因的調(diào)控關(guān)系。