研究熱點m6A數(shù)據(jù)庫——M6A2Target介紹

    之前的文章寫過m6A是近年的研究熱點，雖然2020年國自然評選結(jié)果還沒出，但是可以預測m6A相關(guān)中標項目數(shù)仍會上漲。如果您苦于沒有相關(guān)資源，那么今天推薦的M6A2Target數(shù)據(jù)庫一定不要錯過。
    M6A2Target數(shù)據(jù)庫（http://m6a2target.canceromics.org）由中國研究團隊合作完成，該數(shù)據(jù)庫的文章于2020年5月11日發(fā)表在生物信息期刊Briefings in Bioinformatics（IF=8.99），通訊作者為中山大學腫瘤防治中心鄭健研究員和中腫生物信息平臺左志向副研究員。M6A2Target是第一個包含三類m6A甲基化酶（writers、erasers和readers，WER）對應靶基因的數(shù)據(jù)庫，對目前人類和小鼠中已發(fā)表的m6A WER靶基因數(shù)據(jù)進行收集整理以及對潛在靶基因進行分析預測，從而為m6A相關(guān)研究提供候選基因和研究思路。

    該數(shù)據(jù)庫不但收集了人類與小鼠兩個物種1034個已有文章報道的實驗驗證的靶基因，還通過高通量測序數(shù)據(jù)分析獲得了大量的潛在靶基因。

    首頁搜索欄可以快速查詢目的基因，我們以STAT3為例進行檢索。得到下圖的結(jié)果，搜索結(jié)果可以選擇物種（人和小鼠）、m6A的修飾酶和多種細胞系。

    Validated Targets模塊，包含了實驗驗證過的的m6A WER靶基因，包括免疫共沉淀、RNA pulldown、熒光素酶報告基因系統(tǒng)、敲低或過表達并得到qPCR的驗證等，用戶可以通過此模塊查詢是否存在已經(jīng)實驗驗證的m6A靶基因。通過篩選物種，細胞系，WER類型或者選定不同的m6A WER則可以展示對應的m6A Tartgets，下方結(jié)果表格包含了物種、細胞系、WER類型、WER名稱、對應的靶基因名以及文章PMID，同時還可以在表格右上方通過基因名篩選與此基因相關(guān)的結(jié)果。

    點擊對應表格中對應行的Detail按鈕，則可以進入詳情頁面。如圖包含HNRNP 這個m6A及其靶基因ACTB的具體信息：如Ensembl ID,HGNC ID,Entrz ID，基因類型與基因的描述。同時還提供了各個類型基因ID對應數(shù)據(jù)庫的跳轉(zhuǎn)鏈接。同時下方還有HNRNPC與靶基因ACTB之間具體的相互作用信息，如對應文章的PMID，具體的細胞系，預測的靶基因位點，實驗方法，測序方法以及對功能的影響。

    Potential Targets模塊。儲存了通過高通量測序數(shù)據(jù)分析預測的靶基因，包括Binding與Perturbation兩部分。用于查詢是否存在潛在靶基因。首先是與m6A WER有相互作用的測序數(shù)據(jù)分析整理為Binding，其中包括RIP-seq和CLIP-seq數(shù)據(jù)研究的蛋白與RNA的互作，ChIP-seq研究的蛋白與DNA互作以及通過Co-IP的方式打質(zhì)譜鑒定蛋白與蛋白互作；而第二類則是收集了Ribo-seq, RNA-seq, Merip-seq等數(shù)據(jù)中由于WER繞動（比如敲除、敲降、過表達和突變等）導致下游m6A水平、基因表達水平、可變剪接或者翻譯效率發(fā)生改變的WER,作為潛在靶基因，整理為Perturbation。其中Binding是直接證據(jù)，Perturbation是間接證據(jù)。結(jié)果表格除了m6A WER以及靶基因，還有對應的測序方法相互作用類型或者對下游的影響類型。

    點擊詳情選項后，可以具體查看不同的相互作用（Protein-DNA，Protein-RNA和Protein-Protein） Target位點的具體信息，如細胞系，GEO accession number，Target位點，高通量測序方法，相互作用類型等。

    而在Perturbation的詳情頁面中，則可以分別查看導致下游基因表達水平、m6A甲基化水平、可變剪接和翻譯效率中的靶基因具體改變情況，如具體的細胞系和樣本、差異表達、差異甲基化或者差異翻譯效率的具體差異結(jié)果等。

    Genome Browser模塊中，輸入基因即可展示靶基因的各個測序數(shù)據(jù)在基因組中的位置情況。如圖，輸入基因SOX2,不但展示了實驗驗證結(jié)果在基因組中的位置情況，還展示了在RIP-seq、CLIP-seq等實驗結(jié)果中SOX2與WER與SOX2相互作用的區(qū)域。同時還提供了SOX2基因上的SNP位點。

    數(shù)據(jù)下載模塊。最后數(shù)據(jù)庫還按照物種以及分類提供了所有數(shù)據(jù)下載，方便用戶進一步的分析與挖掘。