CancerSCEM：癌癥單細胞RNA-seq數(shù)據(jù)庫

CancerSCEM數(shù)據(jù)庫收集了涵蓋人類20種癌癥類型、總計208個癌癥樣本的單細胞RNA-seq數(shù)據(jù)，使得我們可以比較不同癌癥類型之間的細胞成分和許多功能分子的表達，最終挖掘出一些新的優(yōu)越免疫檢查點，可用于未來針對特定類型癌癥的臨床免疫治療。（https://ngdc.cncb.ac.cn/cancerscem/index）

l  Browe

單擊導航欄中的“Project Browse”后，將顯示所有收集的癌癥單細胞 RNA-Seq 列表，信息包括項目 ID、癌癥類型、項目所在國家、樣本 ID ，樣本詳細信息，細胞計數(shù)，文庫構建協(xié)議。

此外，表中的“Sample Details”和“Analysis”列將分別提供指向每個數(shù)據(jù)集的腫瘤樣本的詳細信息及其一般分析結果的超鏈接。

l  Search

主頁快速搜索：用戶可以在“Quick Search”欄輸入癌癥類型/基因名/基因ID進行快速搜索，將生成相應的項目/樣本及其分析結果和目標基因的整體表達模式；也可以在“Keyword Cloud”中點擊感興趣的關鍵詞進行快速搜索。

導航欄高級搜索

單擊導航欄“Search”可進入搜索頁面。根據(jù)右側提示輸入相應關鍵詞進行搜索即可：

l  Online analyze

在心分析分為基因分析模塊和樣本分析模塊。基因模塊主要針對樣本中基因表達、不同癌癥類型中基因表達、特定樣本中基因表達相關性及不同來源的數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)集間基因表達的差異。結果數(shù)據(jù)可以進行下載。

樣本分析模塊包塊細胞成分比較、細胞相互作用及生存分析。

l  Downloads

原始數(shù)據(jù)、基因表達矩陣、每個單細胞數(shù)據(jù)集的細胞成分和每個細胞亞型的差異表達基因列表可供下載。