DNAmoreDB，DNA酶數(shù)據(jù)庫

DNA酶，也稱為脫氧核酶，是合成的單鏈 DNA 分子，能夠催化化學(xué)反應(yīng)。該催化劑家族于 1994 年發(fā)現(xiàn)，具有所需的特性，例如成本低、易于合成、堅固耐用，以及單獨(dú)或與納米材料結(jié)合對各種工藝的適應(yīng)性和適用性。迄今已知的DNA酶已經(jīng)通過體外選擇或SELEX方法分離。自從發(fā)現(xiàn)第一個DNA酶，一種依賴于鉛的 RNA 切割脫氧核酶，數(shù)百種脫氧核酶被分離出來，增加了脫氧核糖核酸能夠催化的不斷增長的反應(yīng)庫。用于 RNA 連接、RNA 切割、肽側(cè)鏈修飾和DNA水解的 DNA酶是最受追捧的DNA催化劑類型。DNA酶的潛力吸引了來自非常不同領(lǐng)域的科學(xué)家，最終導(dǎo)致它們作為生物傳感器、治療劑和納米技術(shù)工具的應(yīng)用。

目前，文獻(xiàn)中已經(jīng)報道了超過1500種不同的 DNA酶序列，占至少20種不同的催化活性。DNA酶序列通常在GenBank等公共序列數(shù)據(jù)庫中不可用，但那些已確定其3D結(jié)構(gòu)的除外。此外，出版物通常在文章正文中報告活性序列。然而，經(jīng)常在補(bǔ)充信息中報告，因此，很難檢索到DNA酶序列。作者開發(fā)了DNAmoreDB數(shù)據(jù)庫（https://www.genesilico.pl/DNAmoreDB）作為一個單一的在線資源，用于存儲和組織不同級別的 DNA酶信息，以促進(jìn)他們的研究，識別已經(jīng)存在的 DNA酶，并將新選擇的序列與數(shù)據(jù)庫中的序列進(jìn)行比較。

數(shù)據(jù)庫情況

當(dāng)前（截至 2020 年 9 月 21 日）版本的 DNAmoreDB 包含來自 116 篇已發(fā)表參考文獻(xiàn)的 1782 個序列。DNAmoreDB的主頁介紹了該數(shù)據(jù)庫并提供了幾個功能的快速鏈接。例如，可以通過關(guān)鍵字查詢數(shù)據(jù)庫，查看可以瀏覽的頁面，以及訪問序列搜索工具。工具欄顯示所有數(shù)據(jù)庫的頁面和一個用于查詢數(shù)據(jù)庫內(nèi)容的搜索欄。

       DNAmoreDB數(shù)據(jù)庫可以通過關(guān)鍵字進(jìn)行查詢、查看可以瀏覽的頁面并訪問序列搜索工具，工具欄顯示所有數(shù)據(jù)庫的頁面和一個用于查詢數(shù)據(jù)庫內(nèi)容的搜索欄。數(shù)據(jù)庫中存在的DNA酶根據(jù)它們催化的反應(yīng)進(jìn)行分類，這種分類允許用戶在瀏覽DNA酶s時應(yīng)用過濾器頁面，可以從工具欄和主頁上的快速鏈接訪問。DNA酶s中的“默認(rèn)”選項一般僅顯示文章正文中報告的DNA酶，用戶可以根據(jù)不同的標(biāo)準(zhǔn)對條目進(jìn)行排序，以粗體字符顯示的序列表明單個條目頁面包含有關(guān)反應(yīng)產(chǎn)率和速率常數(shù)的信息。