蛋白質激酶作為細胞信號轉導的中心節(jié)點,在時間和空間上能使下游底物發(fā)生磷酸化,以催化傳遞來自細胞外或細胞內變化的信號。3-磷酸肌醇依賴蛋白激酶1 (PDK1)作為一種主激酶,在磷酸化和激活蛋白激酶A、B和C (AGC)家族激酶(包括AKT)中起著重要作用,但目前對PDK1的上游調控作用少有報道。本研究報道了核糖體蛋白S6激酶β1 (S6K1)直接磷酸化蛋白同源結構域,并破壞PDK1與AKT的相互作用和活化。本文于2022年3月發(fā)表于 《Nature Communications》,IF=14.919。
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作者推測上游激酶可能介導PDK1-S549磷酸化,于是分析S549周圍氨基酸情況,發(fā)現(xiàn)S549位點內存在一個經典的AGC激酶磷酸化共識基序位點(RxRxxS/T) (Fig 1a)。為了評估AGC激酶家族是否可以促進PDK1在該位點的磷酸化,篩選了一組AGC激酶,包括AKT1 (myr-AKT1),AKT2 (myr-AKT2),S6K1 (S6K1- r3a)和SGK1 (SGK1-Δ60)。用內源性的AKT底物磷酸化抗體檢測到S6K1,而不是其他的AGC激酶在內源性水平上顯著增強PDK1磷酸化(Fig 1b)。胰島素誘導的PDK1磷酸化可被mTORC1或S6K抑制劑顯著拮抗,AKT抑制劑的拮抗程度較低,同時S6K下游底物核糖體蛋白S6的磷酸化事件減少(Fig 1c)。與此一致的是,S6K1可以顯著增強PDK1的磷酸化,且呈劑量依賴性(Fig 1d),而S6K1誘導的PDK1磷酸化可被mTORC1或S6K抑制劑減弱 (Fig 1e)。進一步觀察發(fā)現(xiàn)PDK1磷酸化隨胰島素刺激而波動。此外,胰島素在S6K1和S6K2雙敲除(S6K1 /2?/?)小鼠胚胎的成纖維細胞(mef)中極大促進了PDK1磷酸化(Fig 1f)。提示S6K1在胰島素誘導中可能是必需的基因磷酸化。與這一發(fā)現(xiàn)一致的是,癌細胞中S6K1的缺失顯著減少了PDK1的磷酸化 (Fig 1g)。
為了驗證S549是否確實是PDK1上主要的S6K1磷酸化殘基,作者發(fā)現(xiàn)S549A敲除降低了S6K1介導的PDK1磷酸化 (Fig 1h)。與這一發(fā)現(xiàn)一致的是,在體外S6K1可以直接磷酸化WT突變體,而不能磷酸化S549A突變體 (Fig 1i)。為了進一步檢測S549位點的PDK1磷酸化,作者構建并驗證了磷酸化抗體特異性識別的PDK1-pS549,并觀察到S6K1確實可以在細胞的S549位點磷酸化PDK1 (Fig 1b-h),也能被mTORC1或S6K抑制劑可以抑制 (Fig 1c)。這些結果表明S6K1能直接磷酸化PDK1的Ser549殘基。
Fig1 S6K直接使PDK1在Ser549位點磷酸化
2 S6K1介導的PDK1磷酸化抑制AKT激酶活性和致癌功能
為了探究S6K1介導的PDK1磷酸化的生物學功能,作者將PDK1的不同突變形式(WT、S549A和S549D)引入DLD1-PDK1?/?細胞中,發(fā)現(xiàn)與WT或PDK1-S549D相比、PDK1-S549A表達顯著升高AKT-pT308 (Fig 2a)。此外,在胰島素處理條件下,如pGSK3β,與表達PDK1-WT-或S549D的細胞相比,DLD1-PDK1?/?表達PDK1-S549A的細胞中pT308-AKT及其下游底物顯著升高(Fig 2b,c)。
作者發(fā)現(xiàn),與WT或S549D突變體PDK1相比,引入缺磷型PDK1 (S549A)可以顯著促進細胞集落形成和錨定獨立生長 (Fig 2d,e)。為了揭示PDK1-S549磷酸化在體內對腫瘤生長的作用,作者利用異種移植小鼠模型,發(fā)現(xiàn)與表達細胞S549的DLD1-PDK1?/?的細胞相比,PDK1-S549A的表達明顯促進DLD1-PDK1?/?細胞腫瘤的生長 (Fig 2f–j)。同時,與PDK1-WT或S549D的表達的腫瘤相比較,攜帶PDK1-S549A的腫瘤表現(xiàn)出更多的Ki67染色,同時AKT下游底物pS6增加 (Fig 2k,l)。這些結果表明,在體內和體外,S6K介導的PDK1磷酸化負調控AKT激酶活性和致癌功能。
Fig2 PDK1的磷酸化抑制AKT激酶的活性和致癌功能
3 PDK1- S549磷酸化顯著減弱PDK1與PIP3的相互作用和質膜定位
為了研究S6K1介導的PDK1磷酸化是否影響其激酶活性,作者對PDK1進行了體外激酶測定。結果表明,S6K1-R3A的組成活性形式與PDK1- wt、S549A或S549D變體僅輕度影響PDK1磷酸化其底物AKT1的能力 (Fig 3a),表明S6K1介導的PDK1磷酸化對AKT激酶活性的抑制可能不是由于PDK1酶活性降低所致。接下來,作者發(fā)現(xiàn)PDK1和S6K1-R3A可顯著降低PDK1與AKT的相互作用,且呈劑量依賴性,且S549處PDK1的磷酸化水平增加 (Fig 3b)。通過磷酸化IRS1/2來排除S6K已建立的負反饋作用的影響,觀察PDK1-S549D或S549A與AKT之間的互作,結果發(fā)現(xiàn)PDK1-S549A的相互作用增強,而S549D減弱,但不影響與其他PDK1底物(如SGK1、PLK1或S6K1)的相互作用 (Fig 3c)。
已有研究表明PDK1和AKT的相互作用主要發(fā)生在PIP3定位的質膜上,PIP3的pull-down檢測結果顯示,S6K1-R3A顯著降低了WT的相互作用,而PDK1的S549A突變體與PIP3的相互作用沒有降低(Fig 3d)。同時,抑制S6K1活性可以促進PDK1與PIP3的相互作用(Fig 3e)。這些數(shù)據(jù)表明,S549磷酸化可以使PDK1從質膜和PIP3中分離出來,從而降低PDK1與AKT的相互作用。與這一發(fā)現(xiàn)一致,作者觀察到S6K1確實可以通過細胞分餾分析降低PDK1的膜定位或免疫染色 (Fig 3g)。因此,與WT或S549D形式的PDK1相比,S549A突變體增強了PDK1膜定位。
Fig 3 S6K1介導的PDK1磷酸化抑制PDK1膜定位和PIP3結合
4、14-3-3介導PDK1從PIP3中分離,并促進其二聚
為了揭示磷酸化PDK1與PIP3解離并形成二聚體的潛在機制,作者假設存在能夠識別磷酸化PDK1的接頭蛋白,并進一步干擾其與PIP3的相互作用。已有研究證實14-3-3接頭蛋白在蛋白室轉位中起主要作用,尤其是磷酸化蛋白。因此,作者對14-3-3家族成員進行了篩選,發(fā)現(xiàn)14-3-3γ可以在外源和內源水平上特異性地與PDK1相互作用 (Fig 4a–c)。值得注意的是,RxxpSxP這個基序與S6K1介導的PDK1磷酸化殘基(Ser549)重疊,并且在不同物種之間進化保守 (Fig 4d)。有趣的是,與PDK1、AKT1、PLK1和SIN1衍生的不同PH結構域相比,作者觀察到只有PDK1-PH參與14-3-3γ的結合。更重要的是,S6K1- r3a顯著增強,而S6K1的消耗減少了PDK1與14-3-3γ之間的互作 (Fig 4g)。在細胞和體外實驗中,S549D突變體PDK1增強,而S549A突變體PDK1減弱PDK1與14-3-3γ的相互作用 (Fig 4e,f)。
先前有報道稱,磷酸化絲氨酸或蘇氨酸后的脯氨酸殘基對14-3-3相互作用至關重要。因此,無論在細胞內還是體外,PDK1- p551a突變均能強烈減弱PDK1與14-3-3γ的相互作用。然而,P551A突變體并沒有消除S6K介導的PDK1與PIP3的分離 (Fig 4g),從而增加了AKT的相互作用,這不能被異位表達S6K1-R3A破壞(Fig 4g)。 S6K1-R3A或PDK1- S549d的異位表達同樣增強了14-3-3γ向PDK1的招募(Fig 4g)。此外,P551A突變體增強了其與PIP3的結合,S6K1-R3A的表達不會干擾PIP3的結合(Fig 4i)。
通過凝膠過濾的方法,作者觀察到PDK1和pS549-PDK1在其二聚體大小在150KD左右時,與14-3-3γ共聚在相似的部分(Fig 4j),表明14-3-3γ可能是磷酸化PDK1進行二聚反應。此外,消耗14-3-3γ會破壞PDK1的二聚反應(Fig 4k),并增加PDK1與AKT的相互作用。更重要的是,14-3-3γ敲除顯著提高了AKT及其下游靶點磷酸化水平(Fig 4l,m)。表明接頭蛋白14-3-3γ在S6K1介導的AKT被PDK1抑制過程中起重要作用。這些研究結果表明,14-3-3γ以S6K1介導的S549磷酸化依賴的方式與PDK1結合,使PDK1與PIP3分離,進而促進PDK1二聚化,從而抑制AKT激酶活性(Fig 4n)。
Fig4 14-3-3γ結合磷酸化的PDK1并將其從細胞質膜上解離
5.患者相關的PDK1突變削弱其與14-3-3的相互作用,促進AKT激酶活性和致癌功能
為探討S6K1介導PDK1磷酸化在腫瘤發(fā)生中的病理作用,對癌癥基因組數(shù)據(jù)進行分析,結果發(fā)現(xiàn)患者相關的PDK1突變發(fā)生在S6K1介導的PDK1磷酸化或14-3-3γ結合區(qū)域附近 (Fig 5a)。
接下來,這些突變被分成兩組,I型突變位于可能阻斷S6K1介導的磷酸化的區(qū)域; (R544K, R546P和S549N);II型突變(P551A, P551L和P551Q)可能在直接干擾對14-3-3γ的識別(Fig 5a)。結果發(fā)現(xiàn), I型突變以及程度較輕II型突變,顯著降低了S6K1介導的PDK1磷酸化(Fig 5b)。I型和II突變體顯著減弱PDK1/14-3-3γ相互作用(Fig 5c),從而增加了PDK1與PIP3的結合 (Fig 5d),以及它們的膜定位(Fig 5e–h)。值得注意的是,這些突變增強了PDK1與AKT的相互作用(Fig 5i,j),同時增加了HEK293-sgPDK1細胞中AKT及其靶蛋白的磷酸化水平 (Fig 5k,l)。
Fig5 患者相關的PDK1突變與PDK1膜位置和AKT激酶激活有關
此外,將這些變量重新引入DLD1-PDK1?/?或SW480-shP DK1細胞中增加了pT308-AKT的表達 (Fig 6a),并促進了癌細胞的致癌能力(Fig 6b,c)。此外,與表達WT-PDK1的細胞相比,這些突變體還促進了異種移植小鼠模型中腫瘤的生長,并增加了AKT下游的pS6,以及增殖標志物Ki67的表達(Fig 6d–g)。
Fig 6患者來源的PDK1突變促進AKT1的激活和致癌功能
總之,S6K1直接磷酸化PDK1的PH結構域,增強PDK1結合14-3-3的能力,進而解離PIP3和質膜中的PDK1,導致PDK1/AKT相互作用減少,AKTT308磷酸化受損。這一觀察結果表明,S6K1以不同的負反饋方式和磷酸化依賴方式緊密控制AKT激酶的活性(Fig 7)。
Fig 7 生理和病理條件下S6K1對PDK1負調控的模型
參考文獻:
Jiang, Q., et al., S6K1-mediated phosphorylation of PDK1 impairs AKT kinase activity and oncogenic functions. Nat Commun, 2022. 13(1): p. 1548.