GRNdb：基因調控網(wǎng)絡數(shù)據(jù)庫

基因調控網(wǎng)絡對于理解基因表達調控和表達異質性的機制至關重要。GRNdb是一個基于大規(guī)模 RNA-seq 數(shù)據(jù)以及已知的 TF- 各種人和小鼠條件的目標關系構建的、可免費訪問且用戶友好的數(shù)據(jù)庫，用于方便地探索和可視化由轉錄因子（TF）和下游靶基因（稱為調節(jié)子）形成的預測調控網(wǎng)絡。需要注意的是，該數(shù)據(jù)庫的所有預測結果只是基于高通量測序而非實驗驗證。

GRNdb：http://www.grndb.com/

l  Search

“Exact Search”可選擇物種分為人、小鼠兩種。用戶可以基于“Single-cell”選擇不同組織類型，或者基于“Bulk”選擇TCGA或GTEx的數(shù)據(jù)集；然后根據(jù)用戶要求按照轉錄因子或調節(jié)子的Symbol/Entrez ID/Ensembl進行搜索。結果如下：

圖片結果均可進行下載；數(shù)據(jù)結果可以點擊下方“Download”下載csv格式文件。

“Comparison”可以對2種不同來源數(shù)據(jù)的調控關系進行比較。結果如下：

l  Expression

輸入感興趣的基因，可以查詢到在特定數(shù)據(jù)集中基因的表達情況：

l  Survival

選擇疾病類型后，輸入感興趣的基因，可以獲得該疾病中基因的生存曲線：