蛋白質(zhì)的電荷是其關(guān)鍵的物理化學(xué)特性之一,并且與pKa解離常數(shù)有關(guān)(pKa是溶液中酸強(qiáng)度的定量度量)。對(duì)于蛋白質(zhì)和多肽,應(yīng)考慮七種帶電氨基酸的可電離基團(tuán):谷氨酸(γ-羧基)、半胱氨酸(硫醇基)、天冬氨酸(β-羧基)、酪氨酸(酚基)、賴氨酸(ε-銨組)、組氨酸(咪唑側(cè)鏈)和精氨酸(胍基團(tuán))??傊?,所有帶電基團(tuán)的pKa值可用于計(jì)算分子在任何 pH 值下的總電荷或估計(jì)等電點(diǎn) ( pI, IEP),即正負(fù)電荷平衡的pH值,因此分子的總凈電荷等于零。pKa和等電點(diǎn)估計(jì)均已用于多種技術(shù),例如二維凝膠電泳 (2D-PAGE)、結(jié)晶、毛細(xì)管等電聚焦和質(zhì)譜 (MS )。但當(dāng)前蛋白質(zhì)等電點(diǎn)數(shù)據(jù)庫仍非常有限。
近期,波蘭研究團(tuán)隊(duì)建了一個(gè)蛋白質(zhì)等電點(diǎn)數(shù)據(jù)庫:Proteome-pI 2.0(http://isoelectricpointdb2.org),該數(shù)據(jù)庫相關(guān)文章刊登在Nucleic Acids Research期刊(IF=16.971),題名為Proteome-pI 2.0: proteome isoelectric point database update。該數(shù)據(jù)庫囊括了來自20115個(gè)蛋白質(zhì)組的單個(gè)蛋白質(zhì)的等電點(diǎn),21種算法預(yù)測等電點(diǎn),包括超過6100萬種蛋白質(zhì)的pKa解離常數(shù)的預(yù)測。
該數(shù)據(jù)庫支持自主瀏覽和搜索。
ProteomepI 2.0 提供了與分子量分布和跨界等電點(diǎn)或氨基和二氨基酸統(tǒng)計(jì)相關(guān)的全局分析。此類數(shù)據(jù)可用于特定分類單元的高通量分析,例如植物真菌或相互作用的蛋白質(zhì)組。