lncRNA NEAT1通過調(diào)節(jié)miR-362-3p/MIOX軸促進(jìn)肝細(xì)胞癌鐵死亡

欄目:最新研究動(dòng)態(tài) 發(fā)布時(shí)間:2022-06-01
NEAT1通過調(diào)節(jié)miR-362-3p和MIOX在鐵死亡中發(fā)揮了新的、不可或缺的作用??紤]到HCC患者對(duì)化療......


lncRNA NEAT1參與調(diào)節(jié)細(xì)胞周期、增殖、凋亡和腫瘤細(xì)胞的遷移。然而,NEAT1在調(diào)節(jié)腫瘤中鐵死亡中的功能和分子機(jī)制尚不清楚。在這里,我們發(fā)現(xiàn)鐵死亡誘導(dǎo)劑erastinRSL3通過促進(jìn)p53NEAT1啟動(dòng)子的結(jié)合來增加NEAT1的表達(dá)。誘導(dǎo)NEAT1通過競(jìng)爭(zhēng)性結(jié)合miR-362-3p促進(jìn)MIOX的表達(dá)。MIOX增加了ROS的產(chǎn)生,降低了細(xì)胞內(nèi)NADPHGSH的水平,導(dǎo)致erastinRSL3誘導(dǎo)的鐵死亡增強(qiáng)。重要的是,NEAT1的過表達(dá)通過增強(qiáng)體外和體內(nèi)的鐵死亡,提高了erastinRSL3的抗腫瘤活性。總的來說,NEAT1通過調(diào)節(jié)miR-362-3pMIOX在鐵死亡中發(fā)揮了新的、不可或缺的作用??紤]到HCC患者對(duì)化療和免疫治療不敏感的臨床發(fā)現(xiàn),對(duì)于NEAT1高表達(dá)的HCC患者,誘導(dǎo)鐵死亡可能是一種有希望的治療策略。本文于20223月發(fā)表于Cell Death and DifferentiationIF=15.828)上。

 

技術(shù)路線



結(jié)果

1)鐵死亡誘導(dǎo)NEAT1表達(dá)依賴于p53

為了鑒定與鐵死亡有關(guān)的lncRNAs,用鐵死亡誘導(dǎo)劑處理肝癌細(xì)胞系HepG2,用RNA-Seq進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析。如圖所示,在erastin和RSL3處理后,40個(gè)lncRNAs導(dǎo)致兩種處理的基因表達(dá)發(fā)生顯著變化,以及分別受erastin或RSL3影響的125或123個(gè)lncRNAs(圖1a、b)。我們根據(jù)差異表達(dá)基因列表挖掘了UALCAN數(shù)據(jù)庫,發(fā)現(xiàn)了五種有趣的lncRNAs(NEAT1、C11orf95、DIO3OS、HCG18、SNHG12),它們?cè)贖CC中的表達(dá)與正常組織相比顯著(圖1c)。其中,NEAT1的表達(dá)顯著高于其他lncRNAs(圖1d)。因此,我們進(jìn)一步研究NEAT1在鐵死亡中的作用和機(jī)制。

NEAT1有兩種亞型,NEAT1_1在大多數(shù)人體組織中組成性表達(dá),而NEAT1_2的表達(dá)是組織特異性的。然而,NEAT1的生物學(xué)功能主要來源于NEAT1_2亞型。為了檢測(cè)兩種亞型的表達(dá),我們?cè)O(shè)計(jì)了引物來產(chǎn)生兩個(gè)擴(kuò)增子,引物1檢測(cè)到NEAT1_1和NEAT1_2的表達(dá),引物2僅檢測(cè)到NEAT1_2(圖1e)。如圖1f所示,在erastin和RSL3處理的HCC細(xì)胞中,這兩種轉(zhuǎn)錄物均上調(diào),表明NEAT1_1和NEAT1_2的表達(dá)在鐵死亡中被誘導(dǎo)。另外,我們發(fā)現(xiàn),p53的缺失消除了HepG2和HuH-7細(xì)胞中NEAT1的上調(diào)(圖1g,h),表明erastin和RSL3誘導(dǎo)的NEAT1表達(dá)是由p53介導(dǎo)的。為了進(jìn)一步測(cè)試p53是否直接調(diào)節(jié)NEAT1的轉(zhuǎn)錄,我們使用JASPAR程序分析了NEAT1的啟動(dòng)子區(qū)域,并發(fā)現(xiàn)了一個(gè)p53的結(jié)合序列。然后,我們進(jìn)行ChIP分析,發(fā)現(xiàn)erastin和RSL3處理促進(jìn)了p53與NEAT1啟動(dòng)子區(qū)域的結(jié)合(圖1i)。此外,我們觀察到在erastin或RSL3處理NEAT1-WT啟動(dòng)子后,啟動(dòng)子活性增加(圖1j)。綜上所述,在鐵死亡誘導(dǎo)條件下,p53直接結(jié)合NEAT1的啟動(dòng)子并促進(jìn)NEAT1的表達(dá)。



2NEAT1促進(jìn)erastinRSL3誘導(dǎo)的鐵死亡

為了研究NEAT1是否調(diào)節(jié)鐵死亡,我們構(gòu)建了兩個(gè)NEAT1特異性shRNA。NEAT1 shRNA 1同時(shí)敲除NEAT1_1和NEAT1_2,而NEAT1 shRNA 2僅敲除NEAT1_2,而不影響NEAT1_1的表達(dá)(圖2a、b)。接下來,我們建立了穩(wěn)定表達(dá)兩種不同NEAT1特異性shRNA的HepG2和HuH-7細(xì)胞系,并用erastin或RSL3處理它們。如圖2c所示,在HepG2或HuH-7細(xì)胞中敲除NEAT1亞型或單獨(dú)敲除NEAT1_2可顯著抑制erastin和RSL3誘導(dǎo)的細(xì)胞死亡。NEAT1敲除顯著抑制MDA、脂質(zhì)ROS和Fe2+的積累(圖2d、e、f)??偟膩碚f,NEAT1促進(jìn)erastin和RSL3誘導(dǎo)的肝癌細(xì)胞鐵死亡。



3NEAT1通過調(diào)節(jié)MIOX的表達(dá)來調(diào)節(jié)鐵死亡

為了進(jìn)一步闡明NEAT1在鐵死亡中的作用機(jī)制,我們通過比較敲除NEAT1導(dǎo)致的基因表達(dá)差異來尋找NEAT1靶基因。如圖3a和b所示,在轉(zhuǎn)染shRNA對(duì)照的HepG2細(xì)胞中,經(jīng)erastin處理后,有1953個(gè)上調(diào)基因和2098個(gè)下調(diào)基因。然而,在轉(zhuǎn)染NEAT1 shRNA的HepG2細(xì)胞中,599個(gè)上調(diào)基因和711個(gè)下調(diào)基因?qū)rastin無反應(yīng),表明這些基因在鐵死亡中的修飾表達(dá)依賴于NEAT1(圖3a,b)。此外,我們鑒定了6個(gè)上調(diào)基因和15個(gè)下調(diào)基因,它們具有更顯著的修飾(圖3c),并發(fā)現(xiàn)在erastin處理后,MIOX是上調(diào)最高的基因。同時(shí),qRT-PCR檢測(cè)表明,erastin和RSL3均不能誘導(dǎo)NEAT1敲除細(xì)胞中MIOX的上調(diào),這進(jìn)一步證實(shí)了鐵死亡中MIOX表達(dá)的誘導(dǎo)依賴于NEAT1(圖3d)。MIOX過表達(dá)拯救了由NEAT1缺乏抑制的erastin和RSL3誘導(dǎo)的鐵死亡(圖3e)。MIOX過表達(dá)增加NEAT1敲除細(xì)胞內(nèi)MDA、脂質(zhì)ROS和Fe2+水平(圖3f-h)??傊?,這些結(jié)果表明NEAT1通過調(diào)節(jié)MIOX的表達(dá)促進(jìn)erastin和RSL3誘導(dǎo)的鐵死亡。



4MIOX通過調(diào)節(jié)Fe2+、GSHNADPH促進(jìn)鐵死亡

先前的一項(xiàng)研究表明,MIOX過表達(dá)可通過調(diào)節(jié)鐵積累、GSH活性和NADPH水平,加重順鉑誘導(dǎo)的急性腎損傷。為了測(cè)試這種機(jī)制在erastin和RSL3誘導(dǎo)的HCC細(xì)胞鐵死亡中是否保守,我們?cè)贖CC細(xì)胞中過表達(dá)MIOX,并發(fā)現(xiàn)MIOX促進(jìn)erastin和RSL3誘導(dǎo)的細(xì)胞死亡(圖4a)。相反,敲低MIOX可抑制erastin和RSL3誘導(dǎo)的細(xì)胞死亡(圖4e)。我們進(jìn)一步檢測(cè)了細(xì)胞內(nèi)的Fe2+水平。如圖4b所示,經(jīng)過erastin和RSL3處理后,MIOX過表達(dá)的細(xì)胞內(nèi)鐵濃度顯著升高。在用erastin治療后,MIOX的過表達(dá)進(jìn)一步降低了HepG2和HuH-7細(xì)胞中的GSH水平(圖4c)。同樣,NADPH有助于消除脂質(zhì)ROS,并調(diào)節(jié)細(xì)胞對(duì)鐵死亡的敏感性,在MIOX過表達(dá)的細(xì)胞中,NADPH也會(huì)降低(圖4d)。相反,在HepG2和HuH-7細(xì)胞中,耗盡MIOX抑制了erastin誘導(dǎo)的HepG2和HuH-7細(xì)胞中Fe2+的積累、NADPH的降低和GSH的降低(圖4f-h)??傊?,MIOX通過調(diào)節(jié)細(xì)胞內(nèi)的Fe2+、GSH和NADPH水平促進(jìn)鐵死亡(圖4i)。



5MiR-362-3p參與NEAT1對(duì)MIOX的調(diào)節(jié)

越來越多的證據(jù)表明,lncRNAs通過與miRNAs(如ceRNA)結(jié)合來調(diào)節(jié)靶基因。為了確定NEAT1在鐵死亡期間是否作為ceRNA發(fā)揮作用,我們使用預(yù)測(cè)工具,使用starbase v2.0和DIANA-LncBase V2,在NEAT1中找到58個(gè)潛在的miRNA結(jié)合位點(diǎn)(圖5a)。由于MIOX被證明是鐵死亡中NEAT1的靶點(diǎn),我們隨后使用miRTarBase和targetscan在MIOX中尋找潛在的miRNA結(jié)合位點(diǎn),兩個(gè)數(shù)據(jù)庫中都存在43個(gè)潛在的MIOX結(jié)合miRNA(圖5b)。通過比較兩種方法預(yù)測(cè)的miRNA,我們發(fā)現(xiàn)miR-362-3p是唯一重疊的miRNA(圖5c),它可能通過NEAT1介導(dǎo)MIOX和鐵死亡的調(diào)節(jié)。使用兩種公開的生物信息學(xué)工具targetscan和starbase,我們發(fā)現(xiàn)NEAT1和MIOX的3′UTR包含假定的miR-362-3p結(jié)合位點(diǎn)(圖5d)。接下來,我們進(jìn)行熒光素酶活性測(cè)定(圖5e)。如圖5f 所示,在erastin或RSL3處理后,NEAT1的敲除增加了HepG2和HuH-7細(xì)胞中miR-362-3p的表達(dá)水平。相反,NEAT1的過表達(dá)降低了miR362-3p的表達(dá)水平(圖5g)。miR-362-3p的過表達(dá)顯著抑制野生型NEAT1的轉(zhuǎn)錄活性(圖5h)??傊@些結(jié)果表明NEAT1調(diào)節(jié)miR-362-3p。

為了確定MIOX是否是miR-362-3p的直接靶點(diǎn),我們將miR-362-3p過表達(dá)載體與包含MIOX的3′UTR的報(bào)告載體共同轉(zhuǎn)染。如圖5i所示,miR-362-3p的過表達(dá)顯著減弱了含有MIOX野生型3′UTR的報(bào)告載體的熒光素酶活性。相反,序列的突變阻斷了miR-362-3p的抑制作用(圖5i)。此外,我們發(fā)現(xiàn)miR-362-3p對(duì)MIOX 3’UTR活性的影響可以通過過表達(dá)的NEAT1部分恢復(fù)(圖5i)。為了進(jìn)一步證明miR-362-3p參與MIOX和NEAT1之間的交叉調(diào)節(jié),我們?cè)u(píng)估了MIOX的表達(dá)。在erastin或RSL3處理的HepG2細(xì)胞中,NEAT1敲除抑制了MIOX的mRNA和蛋白質(zhì)表達(dá)。相反,miR-362-3p的敲除顯著增加了被NEAT1 shRNA抑制的MIOX的mRNA和蛋白質(zhì)表達(dá)(圖5j)。此外,野生型NEAT1的過表達(dá)增加了MIOX的mRNA和蛋白質(zhì)表達(dá)。miR-362-3p的過表達(dá)顯著抑制NEAT1誘導(dǎo)的MIOX的mRNA和蛋白質(zhì)表達(dá)(圖5k)。miRNA以Ago2依賴的方式抑制mRNA的翻譯和降解。為了測(cè)試MIOX和miR-362-3p之間的相互作用是否受到NEAT1的影響,對(duì)NEAT1過表達(dá)或敲除的HepG2細(xì)胞進(jìn)行RIP實(shí)驗(yàn)。如圖5l所示,被Ago2-miR-362-3p復(fù)合物拉下的MIOX mRNA水平在NEAT1缺失的HepG2細(xì)胞中顯著富集,而過表達(dá)NEAT1則顯著降低MIOX mRNA水平(圖5m)??傊?,這些結(jié)果表明NEAT1通過miR-362-3p積極調(diào)節(jié)MIOX表達(dá)。



6MiR-362-3p通過調(diào)節(jié)MIOX抑制鐵死亡

為了分析miR-362-3p是否通過對(duì)MIOX的影響來調(diào)節(jié)鐵死亡,我們通過過表達(dá)MIOX進(jìn)行了拯救實(shí)驗(yàn)。轉(zhuǎn)染miR-362-3p的HepG2細(xì)胞顯著抑制erastin和RSL3誘導(dǎo)的細(xì)胞死亡,并降低MIOX的促進(jìn)作用(圖6a)。同時(shí),過表達(dá)MIOX后,MDA、脂質(zhì)ROS和Fe2+的積累也部分恢復(fù)(圖6b-d)。此外,MIOX的過表達(dá)抑制了由miR-362-3p誘導(dǎo)的GSH和NADPH的細(xì)胞內(nèi)水平(圖6e,f)。轉(zhuǎn)染miR-362-3p海綿的HepG2細(xì)胞顯著促進(jìn)了erastin-和RSL3-誘導(dǎo)的細(xì)胞死亡和相關(guān)的鐵死亡,包括脂質(zhì)ROS產(chǎn)生、鐵積累、NADPH抑制和erastin誘導(dǎo)的GSH缺失(圖6g-l)。MIOX的下調(diào)抑制了由miR-362-3p海綿促進(jìn)的erastin-和RSL3誘導(dǎo)的鐵死亡(圖6g-l)。這些結(jié)果表明miR-362-3p通過調(diào)節(jié)MIOX的表達(dá)來調(diào)節(jié)鐵死亡。



7NEAT1過表達(dá)促進(jìn)erastinRSL3在體內(nèi)外誘導(dǎo)的鐵死亡

我們通過慢病毒載體在HepG2和HuH-7細(xì)胞中穩(wěn)定地過表達(dá)NEAT1,用erastin或RSL3處理細(xì)胞,然后通過集落形成測(cè)定其對(duì)細(xì)胞活力的影響。我們發(fā)現(xiàn)NEAT1高表達(dá)水平的細(xì)胞對(duì)erastin和RSL3誘導(dǎo)的鐵死亡細(xì)胞死亡更敏感(圖7a )。進(jìn)一步探討NEAT1表達(dá)水平對(duì)erastin或RSL3體內(nèi)抗癌活性的影響。將NEAT1穩(wěn)定過表達(dá)的HepG2和HuH-7細(xì)胞皮下注射到NU/NU裸鼠體內(nèi)。NEAT1表達(dá)增加的腫瘤的大小明顯小于使用相同藥物治療的對(duì)照組(圖7b、c),并且表現(xiàn)出MDA水平升高和erastin誘導(dǎo)的GSH水平降低(圖7d、e)。此外,在NEAT1過表達(dá)細(xì)胞中用erastin或RSL3處理后,4-HNE的染色顯著增加(圖7f)。同樣地,在NEAT1過表達(dá)細(xì)胞中,MIOX表達(dá)顯著升高。ISH染色證實(shí),erastin或RSL3處理后,NEAT1過表達(dá)細(xì)胞中miR-362-3p的表達(dá)降低(圖7f)??傊?, NEAT1調(diào)節(jié)了erastin和RSL3在HCC細(xì)胞中的抗腫瘤活性。



結(jié)論:我們的研究結(jié)果概述了NEAT1在鐵死亡中的關(guān)鍵作用及其調(diào)節(jié)機(jī)制,表明對(duì)于高表達(dá)NEAT1的腫瘤患者,誘導(dǎo)鐵死亡可能是一種有前途的治療策略。


參考文獻(xiàn):

Zhang Y, Luo M, Cui X, O'Connell D, Yang Y. Long noncoding RNA NEAT1 promotes ferroptosis by modulating the miR-362-3p/MIOX axis as a ceRNA. Cell Death Differ. 2022 Mar 25. doi: 10.1038/s41418-022-00970-9. Epub ahead of print. PMID: 35338333.