Structural Signature：探索人類細(xì)胞系和組織蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)特征的在線平臺

蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)特征為了解生物學(xué)功能和相似性提供了有力的見解。之前的研究已經(jīng)證明，組織和藥物處理的細(xì)胞系樣本的結(jié)構(gòu)特征可分別用于預(yù)測組織類型和表征藥物關(guān)系。Structural Signature是一個網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器，用于注釋和分析基因組中的蛋白質(zhì)特征，這些特征通常在轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)中發(fā)現(xiàn)。

https://structural-server.kinametrix.com/.

l  Input

輸入基因名稱或 UniProt ID 列表,點(diǎn)擊“Submit”后耐心等待幾分鐘：

l  Output

在結(jié)果頁面，可以單擊“Download Results”下載結(jié)果為csv格式：

也可以選擇感興趣的結(jié)果進(jìn)行可視化：

點(diǎn)擊“”圖標(biāo)可以下載結(jié)果圖：

l  Date Explorer

在該頁面上允許用戶探索來自人類患者樣本數(shù)據(jù)庫的 GTEx、ARCHS4 和肺腺癌單細(xì)胞 RNA 測序數(shù)據(jù)的特征。該頁面中數(shù)據(jù)既表示為交互式 3D t-SNE 圖，也表示為原始值及其頻率的可搜索表。t-SNE參數(shù)如下：n_components=3、verbose=1、perplexity=30 和 n_iters=250。