ncFO：鐵死亡相關(guān)的非編碼RNA數(shù)據(jù)庫(kù)

ncFO數(shù)據(jù)庫(kù)記錄了參與調(diào)節(jié)鐵死亡的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證和預(yù)測(cè)的非編碼RNA（ncRNAs）。ncFO總共記錄了90個(gè)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證條目和3260個(gè)預(yù)測(cè)條目。同時(shí)，ncFO數(shù)據(jù)庫(kù)還可以進(jìn)行在線共表達(dá)分析、生存分析和差異表達(dá)分析。http://www.jianglab.cn/ncFO/

l   Search

用戶可以通過(guò)鐵死亡基因和三種 ncRNA（miRNA、lncRNA、circRNA）搜索所有經(jīng)過(guò)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的條目。

以鐵死亡相關(guān)基因“ACSL4”為例，點(diǎn)擊“Search”跳轉(zhuǎn)至結(jié)果頁(yè)面。搜索結(jié)果展示與ACSL4相關(guān)的ncRNA。

點(diǎn)擊“Correlation analysis”可以查看不同疾病中ACSL4與ncRNA的相關(guān)性。

l   Prediction tools

1.用戶可以通過(guò)鐵死亡基因、lncRNAs或miRNAs進(jìn)行搜索，獲得調(diào)控鐵死亡基因的miRNAs/lncRNAs。

以“has-let-7b-5p”為例，搜索結(jié)果包含基本信息、分析工具、調(diào)控網(wǎng)絡(luò)及其詳細(xì)信息。

“Analysis tool”可以進(jìn)行不同疾病中has-let-7b-5p的差異表達(dá)分析、生存分析、分期分析。

2. 用戶可以使用共表達(dá)分析預(yù)測(cè)與鐵死亡相關(guān)的ncRNA。用戶可以輸入鐵死亡基因、ncRNA 類型、cuttoff、分析方法并指定癌癥類型。共表達(dá)分析使用TCGA 數(shù)據(jù)集。

以“GPX4”與miRNA在乳腺癌中的共表達(dá)分析為例，結(jié)果中展示了miRNA與GPX4的相關(guān)性，miRNA在乳腺癌中的差異表達(dá)、分期、生存分析結(jié)果。