國自然熱點(diǎn)RNA修飾數(shù)據(jù)庫介紹：RMDisease V2.0

       高通量測序的進(jìn)步揭示了基因組中數(shù)百萬個(gè)單核苷酸變異（SNV）。同義變異可以通過表觀遺傳調(diào)控影響基本的生物學(xué)功能。迄今為止，已經(jīng)檢測到超過170種不同類型的轉(zhuǎn)錄后RNA修飾（RM），這些修飾發(fā)生在不同類型的RNA上，并調(diào)節(jié)RNA生命的幾乎每個(gè)階段。新出現(xiàn)的證據(jù)表明，改變狀態(tài)的失調(diào)與多種人類疾病有關(guān)，包括癌癥、神經(jīng)系統(tǒng)疾病。RM也被證明在調(diào)節(jié)tRNA和線粒體RNA的功能中發(fā)揮重要作用。真核和原核tRNA中的2′-O-甲基化（Nm）等共價(jià)修飾可以抑制先天免疫反應(yīng)。據(jù)報(bào)道，線粒體RM在轉(zhuǎn)移性癌癥中形成代謝可塑性，5-甲基胞嘧啶（m5C）及其衍生物5-甲酰基胞嘧啶（f5C）在線粒體轉(zhuǎn)錄組上的特定位置可能是轉(zhuǎn)移的潛在治療靶點(diǎn)。

       RMDisease v2.0（http://www.rnamd.org/rmdisease2/）通過整合873819個(gè)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的修飾位點(diǎn)和總共146396315個(gè)遺傳變異，RMDisease v2.0報(bào)告了總共1 366252個(gè)RM相關(guān)變體。這些變體可能影響16種類型的RM的修飾位點(diǎn)N6甲基腺苷（m6A）、5-甲基胞嘧啶（m5C）、N1甲基腺苷（m1A）、5甲基尿苷（m5U）、假尿苷（Ψ）、N6， 2′-O-二甲基腺苷（m6Am）、N7甲基鳥苷（m7G）、腺苷轉(zhuǎn)肌苷（a-to-I）、N4乙酰胞苷（ac4C）、2-O-甲基化（Am），涉及在20個(gè)物種（人類、小鼠、大鼠、斑馬魚、玉米、果蠅、酵母、裂變酵母、擬南芥、水稻、雞、山羊、綿羊、豬、牛、恒河猴、番茄、黑猩猩、綠猴。

       RMDisease v2.0擁有用戶友好的Web界面，使用戶能夠有效地查詢，進(jìn)行自定義搜索，并從數(shù)據(jù)庫中快速下載所有收集到的RM相關(guān)變體。此外，還又兩個(gè)新的實(shí)時(shí)數(shù)據(jù)分析模塊，并在網(wǎng)絡(luò)界面上展示，即VarFinder和富集分析工具。
查詢
       RMDisease v2.0 提供了兩種模式來查詢所有收集的 RM 相關(guān)變體。用戶可以通過選擇物種和修飾類型來查詢數(shù)據(jù)庫。查詢結(jié)果還提供了用于可視化全局?jǐn)?shù)據(jù)分布的統(tǒng)計(jì)圖。
搜索
       在RMDisease v2.0中，提供了五種搜索選項(xiàng)：基因，染色體區(qū)域，RS ID，疾病表型和性狀關(guān)聯(lián)。用戶可以通過添加多個(gè)過濾器（例如修飾類型、基因類型和功能注釋）來進(jìn)一步篩選結(jié)果。
疾病和性狀關(guān)聯(lián)
       RMDisease v2.0 中收集的疾病和性狀關(guān)聯(lián)可以通過兩種方式導(dǎo)出。（i） 用戶可以首先按其修改或感興趣的物種查詢數(shù)據(jù)庫，然后從相應(yīng)的過濾列中單擊“GWAS”、“ClinVar”或“性狀”按鈕。（ii）如果用戶對特定疾病或表型感興趣，可以通過搜索框下的“疾病”和“性狀”選項(xiàng)查詢關(guān)鍵字。查詢將返回有關(guān)特定特征的相關(guān)數(shù)據(jù)的完整列表。
增強(qiáng)的分析工具
       RMDisease v2.0引入了兩個(gè)數(shù)據(jù)分析模塊。（i）富集分析：計(jì)算用戶提供的33種TCGA癌癥類型和16種修飾類型的人類變異的統(tǒng)計(jì)意義和倍數(shù)富集。（ii）VarFinder：計(jì)算用戶上傳的變異列表與16種RNA修飾之間的關(guān)聯(lián)。用戶可以上傳感興趣的變體列表，以評估它們對特定 RM 站點(diǎn)的潛在影響。