訓(xùn)練有素的免疫力是指先天性免疫細(xì)胞的長(zhǎng)期記憶。然而,人們對(duì)環(huán)境營(yíng)養(yǎng)供應(yīng)如何影響訓(xùn)練有素的免疫力知之甚少。本研究發(fā)現(xiàn),生理碳源(PCSs)會(huì)影響葡萄糖對(duì)三羧酸(TCA)循環(huán)的貢獻(xiàn),并促進(jìn)訓(xùn)練有素的單核細(xì)胞產(chǎn)生細(xì)胞因子。本研究證明,訓(xùn)練有素的單核細(xì)胞優(yōu)先使用乳酸而不是葡萄糖作為 TCA 循環(huán)底物,乳酸代謝是訓(xùn)練有素的免疫細(xì)胞對(duì)細(xì)菌和真菌感染做出反應(yīng)所必需的。除了對(duì) TCA 循環(huán)的貢獻(xiàn)外,內(nèi)源性乳酸或外源性乳酸還通過調(diào)節(jié)組蛋白乳?;С钟?xùn)練有素的免疫。進(jìn)一步的轉(zhuǎn)錄組分析、ATAC-seq和CUT&Tag-seq表明,乳酸鹽以依賴組蛋白乳化的方式提高染色質(zhì)的可及性。通過沉默乳酸脫氫酶 A(LDHA)抑制依賴乳酸的新陳代謝,損害以乳酸為燃料的 TCA 循環(huán)和組蛋白乳化。這些發(fā)現(xiàn)表明,乳酸是訓(xùn)練有素的免疫代謝和表觀遺傳程序的樞紐。該研究于2025年4月發(fā)表在《Nature Communications》,IF:14.7。
技術(shù)路線:
主要研究結(jié)果:
1. PCSs 在誘導(dǎo)訓(xùn)練有素的免疫過程中影響單核細(xì)胞對(duì)葡萄糖的利用
利用 13C 代謝示蹤劑,作者研究了 PCSs 在訓(xùn)練免疫中對(duì)葡萄糖代謝的作用(圖 1a)。質(zhì)譜分析(MS)顯示,13C-葡萄糖廣泛標(biāo)記了β-葡聚糖處理單核細(xì)胞中糖酵解和 TCA 循環(huán)的中間產(chǎn)物(圖 1b-1d)。相比之下,在經(jīng) β-葡聚糖處理的單核細(xì)胞中存在生理濃度的 PCSs 時(shí),13C-葡萄糖對(duì) TCA 循環(huán)中間產(chǎn)物的貢獻(xiàn)明顯受到抑制(圖 1b-1d)。耐人尋味的是,生理濃度下 PCS 的存在會(huì)引導(dǎo)葡萄糖流向 PPP 和絲氨酸合成途徑(SSP)(圖 1e 和 1d)。由 TCA 催化產(chǎn)生的代謝物,如谷氨酸和天門冬氨酸也得到了類似的結(jié)果(圖 1g)。結(jié)果顯示,βOHB 和乳酸通過檸檬酸合成酶(M + 2 檸檬酸)以 2 碳進(jìn)入的方式為 TCA 循環(huán)提供碳,并在β-葡聚糖處理的單核細(xì)胞中貫穿整個(gè)循環(huán)(圖 1h)。值得注意的是,與葡萄糖濃度(5 毫摩爾)相比,乳酸鹽濃度(1 毫摩爾)更低,訓(xùn)練有素的單核細(xì)胞更愿意使用 PCS 而不是葡萄糖進(jìn)行 TCA 循環(huán)代謝(圖 1h)。綜上所述,這些研究結(jié)果表明,在訓(xùn)練有素的免疫過程中,PCS 降低了13C 葡萄糖對(duì) TCA 循環(huán)的貢獻(xiàn),并促使 13C 葡萄糖從糖酵解轉(zhuǎn)向 PPP 和 SSP。
圖1. PCS 影響葡萄糖在訓(xùn)練有素的免疫系統(tǒng)中的利用
2. 乳酸激活訓(xùn)練有素的免疫
由于在上述 PCSs 中,乳酸對(duì) TCA 循環(huán)的調(diào)控作用最為顯著(圖 1h),作者接下來研究了乳酸在白僵菌感染時(shí)對(duì)訓(xùn)練有素的免疫系統(tǒng)的作用(圖 2a)。由于乳酸脫氫酶(Ldh)通過使用 NAD+/NADH 作為輔助因子來相互轉(zhuǎn)化乳酸和丙酮酸,作者提問LDHA 是否在訓(xùn)練有素的免疫中發(fā)揮作用。首先,采用他莫昔芬誘導(dǎo)的LDHA基因敲除小鼠(LDHA-/-)。為研究乳酸鹽對(duì)訓(xùn)練單核細(xì)胞功能的作用,用β-葡聚糖訓(xùn)練小鼠,然后用白僵菌挑戰(zhàn)小鼠(圖 2a)。不出所料,訓(xùn)練過的β-葡聚糖 Wt 小鼠會(huì)誘導(dǎo)產(chǎn)生 IL-6 和 TNF-α,而 LDHA-/- 小鼠則不會(huì)(圖 2b)。肺組織的組織學(xué)分析表明,在隨后的感染過程中,事先進(jìn)行β-葡聚糖處理可限制肺損傷(圖 2c)。與接受過β-葡聚糖訓(xùn)練的Wt小鼠相比,LDHA-/-小鼠的肺損傷更為嚴(yán)重(圖2c)。因此,LDHA-/-小鼠極易受到白僵菌誘導(dǎo)的致死影響,同時(shí)肺部和腎臟組織中的細(xì)菌負(fù)荷也較高(圖 2d 和 2e)。
此外,作者還研究了乳酸鹽在應(yīng)對(duì)白僵菌感染時(shí)對(duì)訓(xùn)練有素的免疫力的作用。為排除乳酸鹽通過改變酸度來影響訓(xùn)練有素的免疫力的可能性,在本手稿的所有體外實(shí)驗(yàn)中,培養(yǎng)基的 pH 值都被調(diào)整到相同水平。乳酸鹽的存在增加白僵菌誘導(dǎo)的 IL-6 和 TNF-α水平,同時(shí)降低腎臟和肺組織中的真菌負(fù)擔(dān)(圖 2f-2h)。令人震驚的是,乳酸鹽增加了訓(xùn)練有素的單核細(xì)胞對(duì)致命的全身性白僵菌感染的保護(hù)性反應(yīng)(圖 2i)。這些研究結(jié)果表明,乳酸對(duì)于訓(xùn)練有素的免疫系統(tǒng)對(duì)白茨球菌感染的保護(hù)性反應(yīng)是不可或缺的。
圖2. 乳酸調(diào)控訓(xùn)練有素的免疫
3. 乳酸是誘導(dǎo)訓(xùn)練免疫過程中的一種生理燃料
為評(píng)估葡萄糖和乳酸鹽在 TCA 循環(huán)代謝中的競(jìng)爭(zhēng)情況,用 13C 葡萄糖和濃度逐漸增加的未標(biāo)記乳酸鹽培養(yǎng)處理過的單核細(xì)胞。即使在生理葡萄糖濃度(5 mM)下,β-葡聚糖處理過的單核細(xì)胞也會(huì)使用低濃度乳酸(1-2 mM)作為 TCA 循環(huán)中間產(chǎn)物的碳源(圖 3a-3d)。相比之下,低濃度乳酸鹽(1 mM)引導(dǎo)葡萄糖(5 mM)從 OxPhos 流向 SSP 和 PPP(圖 3a-3f)。在乳酸鹽處理的單核細(xì)胞中,葡萄糖衍生的大量標(biāo)記 SAM(包括 m + 5(通過 PPP)和 m + 6-9(通過 PPP 和 SSP))顯著增加(圖 3g 和 3h),表明葡萄糖在乳酸鹽存在的情況下被用于生物合成。由于乳酸有助于 TCA 循環(huán)代謝,接下來研究了乳酸對(duì)訓(xùn)練有素的單核細(xì)胞生物能的作用。通過使用以線粒體(Mito,mtAT1.03)為靶點(diǎn)的基于福斯特共振能量轉(zhuǎn)移(FRET)的 ATP 傳感器,發(fā)現(xiàn)乳酸鹽的存在或β-葡聚糖的處理增強(qiáng) ATP 的產(chǎn)生(圖 3i)。同時(shí)處理β-葡聚糖和乳酸鹽可顯著協(xié)同誘導(dǎo) ATP 的產(chǎn)生(圖 3i)。與 13C 代謝物數(shù)據(jù)一致,乳酸增加了β-葡聚糖誘導(dǎo)的乙酰-CoA、檸檬酸鹽和蘋果酸鹽的水平(圖 3j)。最后研究了葡萄糖在β-葡聚糖處理過程中對(duì)乳酸促成的 TCA 循環(huán)代謝的作用。如圖 3k 所示,在含有葡萄糖(1-10 mM)的培養(yǎng)基中,低乳酸濃度(1 mM)仍然有助于β-葡聚糖處理過程中的 TCA 循環(huán)中間產(chǎn)物。當(dāng)葡萄糖濃度比乳酸濃度高 25 倍時(shí),13C-乳酸不能為 TCA 循環(huán)提供碳(圖 3k)。這些發(fā)現(xiàn)表明,在生理?xiàng)l件下,即使有葡萄糖,乳酸也是訓(xùn)練有素的單核細(xì)胞的 TCA 循環(huán)底物。
圖3. 乳酸是誘導(dǎo)訓(xùn)練免疫過程中的一種生理燃料
4. 乳酸通過 LDHA 增強(qiáng)訓(xùn)練有素的免疫力
接下來研究 LDHA 在訓(xùn)練免疫中對(duì)乳酸生物能功能的作用。如圖 4a 和 4b 所示,在 LDHA-/- 單核細(xì)胞中觀察到 13C 乳酸衍生的檸檬酸鹽、琥珀酸鹽、蘋果酸鹽、谷氨酸鹽和天門冬氨酸鹽的豐度在β-葡聚糖處理后有所下降。13C 乳酸也有助于乙酰-CoA 相關(guān)代謝物的產(chǎn)生,包括 Ac-肉堿和 Ac-丙氨酸,這些代謝物存在于經(jīng) β-葡聚糖處理的 Wt 單核細(xì)胞中,但不存在于經(jīng) β-葡聚糖處理的 LDHA-/- 單核細(xì)胞中(圖 4c)。通過使用線粒體 ATP 探針 mtAT,β-葡聚糖處理可提高 Wt 單核細(xì)胞的 ATP 產(chǎn)量,但 LDHA-/- 單核細(xì)胞經(jīng)β-葡聚糖處理后的 ATP 產(chǎn)量則不會(huì)提高(圖 4d)。同樣,LDHA 基因敲除抑制β-葡聚糖誘導(dǎo)的乙酰-CoA、檸檬酸鹽和蘋果酸鹽的水平(圖 4e)。接下來,通過注入 13C 代謝物來探索宿主是否將乳酸作為體內(nèi)訓(xùn)練免疫的燃料。在體內(nèi)系統(tǒng)中,完全標(biāo)記的(M + 3)13C-乳酸鹽在血清和肺中富集了約 80%(圖 4f 和 4g)。與體內(nèi)外數(shù)據(jù)一致的是,輸注的 13C 乳酸在體內(nèi)很容易標(biāo)記出 TCA 循環(huán)衍生的代謝物,這與β-葡聚糖處理 Wt 小鼠的結(jié)果一致,但在 LDHA-/- 小鼠體內(nèi)則沒有(圖 4h 和 4i)。這些研究結(jié)果表明,通過 LDHA 處理乳酸是訓(xùn)練免疫的一個(gè)關(guān)鍵代謝節(jié)點(diǎn)。
圖4. Ldha 可影響新陳代謝和訓(xùn)練有素的免疫功能
5. 在誘導(dǎo)訓(xùn)練免疫過程中,乳酸鹽通過 LDHA 調(diào)節(jié)單核細(xì)胞中組蛋白的乳化作用
先前的研究表明,賴氨酸乳?;?span>Kla)是一種新型組蛋白標(biāo)記,可被乳酸鹽刺激;作者推測(cè)β-葡聚糖調(diào)節(jié)的高水平乳酸鹽對(duì)訓(xùn)練免疫中組蛋白乳酰化的影響。免疫印跡分析表明,組蛋白 Kla 水平升高,但組蛋白乙?;?span>Kac)水平輕度升高,且在β-葡聚糖處理的單核細(xì)胞中呈時(shí)間依賴性(圖 5a)。組蛋白 Kla 水平的升高早在β-葡聚糖處理后 6 小時(shí)就被檢測(cè)到(圖 5a)。耐人尋味的是,高組蛋白 Kla 水平從第 1 天一直維持到第 9 天(圖 5b)。不出所料,β-葡聚糖挑戰(zhàn)以劑量依賴性方式誘導(dǎo)組蛋白 Kla 水平,并輕度誘導(dǎo) Kac 水平(圖 5c)。因此,使用 13C 葡萄糖或 13C 乳酸鹽進(jìn)行代謝標(biāo)記實(shí)驗(yàn),然后進(jìn)行 MS/MS 分析,結(jié)果表明,β-葡聚糖可直接促進(jìn)葡萄糖或外源乳酸鹽的組蛋白乳化作用(圖 5d-5g)。此外,β-葡聚糖處理增加 Wt 單核細(xì)胞中組蛋白 Kla 的水平,而 LDHA-/- 單核細(xì)胞中的組蛋白 Kla 水平卻沒有增加(圖 5h)。這些研究結(jié)果表明,細(xì)胞內(nèi)乳酸水平過高會(huì)導(dǎo)致免疫調(diào)節(jié)組蛋白乳酸化。
圖5. β-葡聚糖通過 Ldha 調(diào)節(jié)組蛋白乳酸化
6. 在訓(xùn)練有素的免疫誘導(dǎo)過程中,乳酸通過組蛋白乳化作用維持單核細(xì)胞中染色質(zhì)的可及性
為研究乳酸鹽的產(chǎn)生對(duì)訓(xùn)練有素的免疫力的機(jī)械影響,利用高通量測(cè)序(ATAC-seq)分析法(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)比較了Wt單核細(xì)胞、Wt單核細(xì)胞和LDHA-/-訓(xùn)練有素的單核細(xì)胞之間染色質(zhì)區(qū)域的可及性變化。確定了 2,848 個(gè)染色質(zhì)區(qū)域出現(xiàn)可及性變化(圖 6a)。為評(píng)估乳酸對(duì)轉(zhuǎn)錄的功能性影響,對(duì) Wt 單核細(xì)胞、Wt 單核細(xì)胞和 LDHA-/- 訓(xùn)練有素的單核細(xì)胞進(jìn)行生物重復(fù)的 RNA 序列分析(圖 6a)。首先探討染色質(zhì)可及性變化與基因表達(dá)之間的關(guān)系。將每個(gè)差異可及區(qū)域(DARs)分配到與其最近的轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn),并檢測(cè)基因表達(dá)差異。觀察到染色質(zhì)可及性的變化與鄰近基因的表達(dá)之間存在明顯的相關(guān)性(圖 6b)。接下來確定了在 Wt 單核細(xì)胞、Wt 和 LDHA-/- 訓(xùn)練單核細(xì)胞中上調(diào)的 836 個(gè)基因,這些基因也標(biāo)記有染色質(zhì)可及性的改變(圖 6c)。對(duì)這些基因進(jìn)行的基因本體(GO)生物過程分析顯示了生物通路的顯著富集,包括免疫反應(yīng)、乳酸代謝和 HIF 信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)(圖 6d)。選擇H3賴氨酸27(H3K27la)(該賴氨酸殘基也有乙酰化(H3K27ac)),利用新型的全基因組免疫系留測(cè)定法CUT&Tag來闡明組蛋白乳?;谟?xùn)練有素的免疫中的潛在功能意義。全基因組分布分析表明,H3K27la 和 H3K27ac 組蛋白修飾主要位于啟動(dòng)子區(qū)域(圖 6e)。正如預(yù)期的那樣,在 Wt 訓(xùn)練的單核細(xì)胞中,H3K27la 峰在轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)(TSSs)附近增加,而在 LDHA-/- 訓(xùn)練的單核細(xì)胞中則沒有增加(圖 6f)。比較H3K27la標(biāo)記基因在Wt非訓(xùn)練單核細(xì)胞、Wt和LDHA-/-訓(xùn)練單核細(xì)胞中的表達(dá)。在三組共 7547 個(gè)共有峰中,發(fā)現(xiàn)有 248 個(gè)峰發(fā)生顯著變化(圖 6g)。GO通路分析顯示,炎癥反應(yīng)、乳酸代謝和細(xì)胞粘附等生物過程與ATAC-seq數(shù)據(jù)一致(圖6h)。為檢驗(yàn) H3K27la 和 H3K27ac 在訓(xùn)練有素的單核細(xì)胞功能中的作用,將 ATAC-seq 數(shù)據(jù)集和 CUT&Tag 數(shù)據(jù)集整合到整合基因組學(xué)瀏覽器(Integrative Genomics Viewer)中,以檢查它們?cè)诨蛏系慕Y(jié)合情況。在 Wt 訓(xùn)練的單核細(xì)胞中,包括 IL-6、TNF-α、PSGL 和 ICAM-1 在內(nèi)的炎癥因子和細(xì)胞粘附分子的關(guān)鍵基因啟動(dòng)子上的 H3K27la 峰高度富集,而在 LDHA-/- 訓(xùn)練的單核細(xì)胞中則沒有(圖 6i、6j)。然后使用染色質(zhì)免疫沉淀(ChIP)-qPCR 試驗(yàn)評(píng)估 H3K27la 和 H3K27ac 對(duì)穩(wěn)定效應(yīng)基因表達(dá)的影響。事實(shí)上,在Wt-訓(xùn)練的單核細(xì)胞中,IL-6、TNF-α、PSGL和ICAM-1啟動(dòng)子區(qū)域的H3K27la招募增加,但在LDHA-/-訓(xùn)練的單核細(xì)胞中卻沒有增加(圖6k)。與 Wt 非訓(xùn)練型單核細(xì)胞相比,Wt 訓(xùn)練型單核細(xì)胞中 IL-6、TNF-α、PSGL 和 ICAM-1 啟動(dòng)子區(qū)域的 H3K27ac 募集僅存在微小差異(圖 6l)。這些發(fā)現(xiàn)表明,內(nèi)在乳酸鹽的產(chǎn)生改變了訓(xùn)練有素的單核細(xì)胞中炎癥因子和細(xì)胞粘附分子啟動(dòng)子上乙酰化依賴性表觀遺傳編程。
圖6. 在誘導(dǎo)訓(xùn)練免疫的過程中,乳酸通過 Ldha 調(diào)節(jié)單核細(xì)胞中組蛋白的乳酸化
7. 外源性乳酸鹽通過促進(jìn) TCA 循環(huán)和組蛋白乳化作用,支持訓(xùn)練有素的免疫力
作者的數(shù)據(jù)顯示,β-葡聚糖能溫和地誘導(dǎo)組蛋白乙酰化。因此推測(cè),乳酸被吸收后很容易通過 LDHA 轉(zhuǎn)化為丙酮酸,然后在丙酮酸脫氫酶(PDHA)和 ATP 檸檬酸裂解酶(ACLY)的兩種酶催化反應(yīng)中分別轉(zhuǎn)化為細(xì)胞質(zhì)乙酰-CoA33(圖 7a)。為此,比較了葡萄糖和乳酸對(duì)乙酰-CoA 生成的作用。如圖 7b 所示,高葡萄糖(HG)和低葡萄糖(LG)都不影響β-葡聚糖調(diào)節(jié)乙酰-CoA 的生成,但乳酸鹽處理可誘導(dǎo)β-葡聚糖調(diào)節(jié)乙酰-CoA 的生成,表明β-葡聚糖通過乳酸鹽促進(jìn)乙酰-CoA 的生成。但葡萄糖卻不能(圖 7b)。為剖析乙酰-CoA生成所涉及的乳酸代謝的關(guān)鍵步驟,分別采用LDHA抑制劑(草氨酸鈉,Oxa)、丙酮酸轉(zhuǎn)運(yùn)體抑制劑(UK5099)和ACLY抑制劑(BMS303141,BMS)等一系列針對(duì)LDHA、PDHA和ACLY的藥理學(xué)方法(圖7a)。有趣的是,Oxa、UK5099 和 BMS 可抑制β-葡聚糖誘導(dǎo)的乙酰-CoA 生成(圖 7c)。以乙酰-CoA 的同位素為重點(diǎn)的 LC/MS 分析表明,乳酸碳標(biāo)記大部分乙酰-CoA。m + 2 乙酰-CoA同位素顯示了來自乳酸碳的最重要的標(biāo)記模式(圖 7d 和 7e)。為明確乳酸促進(jìn)組蛋白乙酰化的途徑,假設(shè)這涉及氧化代謝,尤其是 ACLY。令人吃驚的是,BMS能抵消β-葡聚糖介導(dǎo)的組蛋白乙?;?,但不能抵消組蛋白乳酸化(圖 7f)。令人驚訝的是,ACLY抑制劑并不影響β-葡聚糖介導(dǎo)的IL-6和TNF-α的產(chǎn)生,也不影響體外和體內(nèi)肺和腎組織中的細(xì)菌負(fù)荷(圖7g-7i)。此外,BMS 處理抑制 H3K27ac 和 H3K18ac,但不能抑制 H3K27la 和 H3K18la 在 IL-6、TNF-α 和 PSGL 啟動(dòng)子區(qū)域的招募(圖 7j-7m)。這些結(jié)果表明,乳酸是乙酰-CoA 生成的重要底物。與乳酸介導(dǎo)的組蛋白乙?;啾?,乳酸介導(dǎo)的組蛋白乳酸化在訓(xùn)練免疫中起著主導(dǎo)作用。
圖7. 外源性乳酸鹽通過促進(jìn) TCA 循環(huán)和組蛋白乳化作用,支持訓(xùn)練有素的免疫
結(jié)論
綜上所述,本研究證明乳酸是訓(xùn)練有素的免疫細(xì)胞的生理燃料,比葡萄糖更受青睞,并能調(diào)節(jié)訓(xùn)練有素的免疫細(xì)胞的細(xì)胞因子產(chǎn)生。從機(jī)理上講,一些固有的乳酸鹽功能是乙酰-CoA 合成的重要底物,并為 TCA 循環(huán)提供燃料。另一種固有乳酸則進(jìn)入細(xì)胞核,通過組蛋白乳酸化作用調(diào)節(jié)細(xì)胞因子的產(chǎn)生。這些數(shù)據(jù)確定了訓(xùn)練免疫中的主要代謝物(乳酸),有助于我們了解先天性免疫記憶,并開辟新的治療途徑。
實(shí)驗(yàn)方法:
單核細(xì)胞和外周血單核細(xì)胞分離,細(xì)胞培養(yǎng),Western blot,細(xì)胞因子測(cè)量,ChIP-seq,CUT&Tag seq,ATAC seq,細(xì)菌培養(yǎng),ChIP-qPCR,質(zhì)譜,流式細(xì)胞量化線粒體 ATP 水平
參考文獻(xiàn)
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