單細(xì)胞測(cè)序只能從 cDNA 模板的一端產(chǎn)生短讀長(zhǎng)數(shù)據(jù)，從而限制了序列完整性的重建。單細(xì)胞全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序利用Nanopore長(zhǎng)讀長(zhǎng)實(shí)時(shí)測(cè)序技術(shù)結(jié)合10X單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)可以直接讀取帶有細(xì)胞標(biāo)簽的全長(zhǎng)cDNA序列。此方法獲取單個(gè)細(xì)胞中所有ployA⁺ RNA分子的全長(zhǎng)序列，從而識(shí)別各種細(xì)胞亞型中可變剪切轉(zhuǎn)錄本（isoform）類型及豐度。

實(shí)驗(yàn)流程

研究案例
High throughput error corrected Nanopore single cell transcriptome sequencing （Nat Commun，IF: 16.6  Q1）
       基于液滴的高通量單細(xì)胞分離技術(shù)極大地提高了單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析實(shí)驗(yàn)的通量。然而，但基于短讀測(cè)序只能分析轉(zhuǎn)錄本的一個(gè)末端序列。本研究介紹了一種結(jié)合牛津納米孔測(cè)序和獨(dú)特的分子標(biāo)識(shí)符的方法，通過(guò)10xGenomics單細(xì)胞分離系統(tǒng)獲得糾錯(cuò)的全長(zhǎng)序列信息。此方法可以在單細(xì)胞水平上檢查不同的RNA剪切和RNA編輯。

圖1 基于Illumina基因表達(dá)和Nanopore可變剪切轉(zhuǎn)錄本表達(dá)量的t-SNE圖

圖2 神經(jīng)元成熟過(guò)程中Clta可變剪切轉(zhuǎn)錄本t-SNE圖

本公司單細(xì)胞測(cè)序分析內(nèi)容：

分析結(jié)果可視化結(jié)果

 
圖1 PCA聚類分析                圖2 UMAP細(xì)胞聚類

   
圖3 鑒定到marker基因               圖4 注釋細(xì)胞類群

 
圖5 細(xì)胞間通訊分析                 圖6 擬時(shí)序分析
   
 圖7 RNA速率分析          圖8 轉(zhuǎn)錄因子活性分析

圖9 各細(xì)胞亞型中差異表達(dá)基因及可變剪切轉(zhuǎn)錄本

送樣要求：
       新鮮組織、血液樣本、單細(xì)胞懸液寄送：

參考文獻(xiàn)
Lebrigand K, Magnone V, Barbry P, Waldmann R. High throughput error corrected Nanopore single cell transcriptome sequencing. Nat Commun. 2020;11(1):4025. Published 2020 Aug 12. doi:10.1038/s41467-020-17800-6 IF: 16.6  Q1