單細(xì)胞lncRNA測序（scRNA-lncRNA seq）

       普通單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄測序（scRNA-seq）分析主要依賴于編碼基因表達(dá)進(jìn)行細(xì)胞分型等分析，而研究表明相比蛋白編碼基因，lncRNA具有更強(qiáng)的細(xì)胞特異性。在傳統(tǒng)Bulk-seq檢測中，在細(xì)胞亞群或單個(gè)細(xì)胞中的高表達(dá)lncRNA往往在組織水平表現(xiàn)為低表達(dá)。而單細(xì)胞lncRNA測序則可顯著提升對細(xì)胞亞群特異性lncRNA的檢測能力。

實(shí)驗(yàn)流程

研究案例
通過單細(xì)胞RNA測序評(píng)估心臟非編碼轉(zhuǎn)錄組發(fā)現(xiàn)一種保守的促纖維化長非編碼RNA FIXER（Circulation，IF: 37.8  Q1）.
       心臟成纖維細(xì)胞在心臟中起著至關(guān)重要的作用。尤其是，成纖維細(xì)胞在受損的心肌中分化為肌成纖維細(xì)胞，促成瘢痕形成和間質(zhì)纖維化。纖維化與心臟功能障礙和衰竭有關(guān)。由于缺乏肌成纖維細(xì)胞特異性標(biāo)記物，因此無法開發(fā)靶向療法。與蛋白編碼基因相比，lncRNAs具有更廣泛的細(xì)胞特異性，這表明它們決定細(xì)胞特性方面具有關(guān)鍵作用。研究人員通過單細(xì)胞深度測序分析了心肌梗死后心臟非肌細(xì)胞中的lncRNA轉(zhuǎn)錄組，并探究了成纖維細(xì)胞和肌成纖維細(xì)胞群體的異質(zhì)性。作者分析了在相關(guān)的肌成纖維細(xì)胞亞群中富集的lncRNA, 并篩選到候選lncRNA FIXER(纖維化lox位點(diǎn)增強(qiáng)子RNA)。研究人員發(fā)現(xiàn)沉默F(xiàn)IXER限制了纖維化并改善了梗死后的心臟功能。
       研究總共捕獲可以在8,413個(gè)來自假手術(shù)或梗死心臟組織的細(xì)胞，平均每個(gè)細(xì)胞得到20M reads數(shù)據(jù)。在所有細(xì)胞中檢測到21,929個(gè)編碼基因和29,107個(gè)長非編碼基因?；趌ncRNA表達(dá)的UMAP分析得到7個(gè)細(xì)胞clusters（圖1），并篩選到肌成纖維細(xì)胞中特異表達(dá)的lncRNA Fixer（圖2）。在小鼠心梗模型中，體內(nèi)干擾Fixer表達(dá)顯著減少心臟纖維化和重塑（圖3）。

圖1 基于lncRNA表達(dá)的UMAP圖及相關(guān)分析


圖2 lncRNA篩選流程及Fixer在基因組位置示意圖

圖3 Fixer沉默抑制心梗模型心臟纖維化及重塑

本公司單細(xì)胞測序分析內(nèi)容：

分析結(jié)果可視化結(jié)果

 
圖1 PCA聚類分析               圖2 UMAP細(xì)胞聚類

   
圖3 鑒定到marker基因              圖4 注釋細(xì)胞類群

 
圖5 細(xì)胞間通訊分析            圖6 擬時(shí)序分析

           
圖7 RNA速率分析                  圖8 轉(zhuǎn)錄因子活性分析

scRNA-seq送樣要求：
       新鮮組織、血液樣本、單細(xì)胞懸液寄送：

參考文獻(xiàn)

Aghagolzadeh P, Plaisance I, Bernasconi R, et al. Assessment of the Cardiac Noncoding Transcriptome by Single-Cell RNA Sequencing Identifies FIXER, a Conserved Profibrogenic Long Noncoding RNA [published online ahead of print, 2023 Jul 10]. Circulation. 2023;10.1161/CIRCULATIONAHA.122.062601.  IF: 37.8 Q1