m6A-Atlas：m6A表觀轉錄組的綜合知識庫

多種化學修飾在細胞天然修飾RNA，調節(jié)其生物發(fā)生、穩(wěn)定性和功能。迄今為止，已鑒定出超過150種類型的RNA修飾，其中，N6甲基腺苷（m6A）是mRNAs和lncRNAs上最普遍和最深入研究的可逆修飾。最近的研究表明，m6A在包括病毒感染、應激、熱休克和DNA損傷在內的各種生物過程中起著關鍵作用，并調節(jié)RNA-蛋白質相互作用、RNA穩(wěn)定性和翻譯效率等分子功能。此外，m6A的失調與許多疾病有關，包括多種癌癥，如白血病和膠質瘤。

今天我們介紹一個m6A數據庫：m6A-Atlas，用于了解m6A表觀轉錄組。該數據庫相關文章發(fā)表于Nucleic Acids Research期刊（IF=16.972）。

m6A-Atlas的特點如下：（1）收集了從7種堿基分辨率技術中鑒定的442162個高置信度m6A位點，并從1363個高通量測序樣本中估算出定量(而非二元)的表轉錄組譜。(2)收錄人、小鼠、黑猩猩等7種脊椎動物m6A位點情況，以及HIV、KSHV、DENV等10種病毒的m6A圖譜情況。(3)由表觀轉錄組數據預測各個m6A位點的生物學功能，以及由疾病相關的基因突變推斷m6A位點的潛在發(fā)病機理。(4)對m6A位點進行轉錄后機制注釋(RBP結合、microRNA相互作用和剪接位點)，同時提供多種RNA修飾的圖譜數據。

這是數據庫主頁搜索功能。先在左側選擇對應的物種，系統(tǒng)自動選的是人類，然后輸入自己所查詢的關鍵詞，以MALAT1為例。

       MALAT1它編碼 7.9 kb 長的非編碼 RNA，位于染色體 11q13。在m6A-Atlas數據庫首頁按基因'MALAT1'檢索，共返回142條MALAT1相關的m 6 A記錄。即 MALAT1 是高度 m6A 修飾的?？梢酝ㄟ^技術過濾這些記錄或細胞系/組織。單擊 MALAT1 m6A 站點后，將提供更多信息，包括記錄來源，例如 PubMed ID、GEO 登錄號、技術、細胞系和治療。位于 MALAT1 上的所有 m 6 A 位點的整體分布及其注釋在“景觀”部分中可視化，并且可以在切換到其“表格”視圖時下載。從那里可以清楚地看出，超過10個堿基分辨率實驗重復檢測到四個 MALAT1 m6A位點，并且這四個位點都得到了保守人類和猴子之間，表明它們的普遍性和潛在的重要功能。具體而言，位于 chr11:65257646（13 個實驗支持）的 MALAT1 m 6 A 位點在猴子和小鼠之間是保守的。該位點的生物學功能是用計算機預測的，并顯示在 GO 預測面板中。我們可以看到 m6A位點與位于 USP10、AGO2、TRAF7 等上的 m 6 A 位點表現出共甲基化模式，并且基于網絡的分析預測，它可能與許多功能有關，例如參與 DNA 修復的 DNA 合成（P值 = 0.01297）、細胞命運決定（p 值 = 0.0454）和細胞發(fā)育的負調節(jié)（p值 = 0.00366）。這與最近的發(fā)現一致，即MALAT1 的m 6 A 調節(jié)調節(jié)腫瘤發(fā)生和胚胎發(fā)育?？梢栽凇凹谆健泵姘逑抡业?> 100 種不同生物環(huán)境（細胞系、組織、治療、病毒感染等）下單個 m6A 位點的甲基化概況。可以過濾特定的細胞系或感興趣的組織。在 iSLK.219 細胞系中發(fā)現了最高的甲基化水平。值得注意的是，該位點的甲基化水平在幾乎所有涵蓋的條件下都高于 0，表明其普遍存在和功能性。MALAT1 的匹配RNA表達譜也可在基因表達面板中進行比較分析。此外，轉錄后注釋表明 m6A位點靠近 microRNA hsa-miR-670-3p 和 21 個 RNA 結合蛋白（包括 HRNPC）的結合位置，這些蛋白可以通過 m 6 A 位點立即進行調節(jié)。有趣的是，先前已經證實了通過 m 6 A 甲基化調節(jié) MATLAT1 和 HNRNPC 之間的相互作用.