piRNAclusterDB 2.0數(shù)據(jù)庫

PIWI 相互作用 RNA (piRNAs) 及其配對(duì)的 PIWI 蛋白保護(hù)動(dòng)物種系免受轉(zhuǎn)座因子的侵害，并在生育中發(fā)揮關(guān)鍵作用。過去的大量研究發(fā)現(xiàn)了piRNA通路的許多其他功能，包括基因調(diào)控、抗病毒防御和體細(xì)胞轉(zhuǎn)座子抑制。此外，跨系統(tǒng)發(fā)育組的比較分析表明 PIWI/piRNA系統(tǒng)進(jìn)化迅速，并表現(xiàn)出很大的進(jìn)化可塑性。

為促進(jìn)對(duì)跨組織和物種的piRNA產(chǎn)生位點(diǎn)的調(diào)控和進(jìn)化的研究，piRNA簇?cái)?shù)據(jù)庫（https://www.smallrnagroup.uni-mainz.de/piRNAclusterDB）應(yīng)運(yùn)而生，其中包含來自12個(gè)物種的100+個(gè)SRA數(shù)據(jù)集。

近年來，小RNA測(cè)序數(shù)據(jù)量急劇增加，而對(duì)piRNA通路和piRNA表達(dá)的理解也在不斷增長(zhǎng)。根據(jù)這一進(jìn)展，近期發(fā)布了piRNA簇?cái)?shù)據(jù)庫2.0版本，包括來自51個(gè)物種的350+個(gè)SRA數(shù)據(jù)集，總共包含15000+個(gè)piRNA簇。這組物種包含軟體動(dòng)物、節(jié)肢動(dòng)物、魚類、兩棲動(dòng)物、爬行動(dòng)物、鳥類和哺乳動(dòng)物。該數(shù)據(jù)庫相關(guān)文章發(fā)表在Nucleic Acids Research期刊（IF=16.972）

   首頁界面如下，首先選擇物種，物種選擇器，以交互式系統(tǒng)發(fā)育樹和表格形式展示有關(guān)分類、piRNA簇?cái)?shù)量等信息。選擇物種后，用戶可以在cluster瀏覽器部分沿著所選物種的所有數(shù)據(jù)集瀏覽產(chǎn)生piRNA的位點(diǎn)。同時(shí)可以單獨(dú)選擇和取消選擇每個(gè)SRA數(shù)據(jù)集，以生成跨不同數(shù)據(jù)集、組織或發(fā)育階段的piRNA簇表達(dá)的自定義視圖。

數(shù)據(jù)庫還包含piRNA Biology、piRNA Cluster Prediction、A Short Manual的門戶模塊，介紹piRNA生物功能，篩選。