TISCH:腫瘤微環(huán)境的 scRNA-seq 數(shù)據(jù)庫
TISCH收集了人類和小鼠的腫瘤相關 scRNA-seq 研究,除了未經(jīng)治療的患者的數(shù)據(jù)集外,還包括那些接受過治療的患者的數(shù)據(jù)集。該數(shù)據(jù)庫在單細胞水平上提供詳細的細胞類型注釋,從而能夠在不同的癌癥類型中探索腫瘤微環(huán)境。
http://tisch.comp-genomics.org/
l Dataset
該模塊是根據(jù)癌癥類型進行搜索。用戶可以選擇感興趣的癌癥類型、免疫細胞類型,然后選擇是否接受過治療/接收什么類型的治療,選擇轉(zhuǎn)移或原位腫瘤,將在下方顯示符合用戶選擇條件的數(shù)據(jù)集。點擊“Compare”可以進行分析:
頁面下方將顯示UMAP圖,在箭頭所指處輸入感興趣的基因后進行搜索,將在右側展示該基因的表達情況。
l Gene
在該模塊中,用戶可以輸入感興趣的基因,然后選擇癌癥、細胞類型。最后根據(jù)用戶的需求選擇數(shù)據(jù)集,點擊“Search”進行搜索。
將在頁面下方顯示熱圖,點擊箭頭所示處可以下載圖片;點擊左側數(shù)據(jù)集名稱將獲得該數(shù)據(jù)集的小提琴圖,以反映所有選定數(shù)據(jù)集中不同細胞類型的基因表達 (logTPM)。