CSCD2:癌癥特異性環(huán)狀 RNA 的綜合交互數(shù)據(jù)庫(kù)

欄目:最新研究動(dòng)態(tài) 發(fā)布時(shí)間:2022-03-16
近日,武漢大學(xué)團(tuán)隊(duì)構(gòu)建了一個(gè)新的腫瘤相關(guān)circRNA數(shù)據(jù)庫(kù)——CSCD2,該數(shù)據(jù)庫(kù)相關(guān)文章刊登在Nucleic Acids Research期刊(IF=16.971)......


環(huán)狀RNAcircRNA)是一種重要的共價(jià)閉合RNA,已在許多物種中通過(guò)高通量測(cè)序大量發(fā)現(xiàn)。circRNA 由線性基因的反向剪接產(chǎn)生,充當(dāng) microRNARNA 結(jié)合蛋白的海綿,也可以翻譯成小肽。先前的工作表明,circRNA 在人類疾病中發(fā)揮著重要作用,尤其是在癌癥中。數(shù)百個(gè)circRNA參與人類上皮-間質(zhì)轉(zhuǎn)化 (EMT),而不完美RNA雙鏈體的內(nèi)源性circRNA可以通過(guò)作為雙鏈 RNA (dsRNA) 活化蛋白激酶(PKR)的抑制劑來(lái)調(diào)節(jié)先天免疫。由于它們對(duì)核酸外切酶的抗性和較長(zhǎng)的半衰期,circRNA 也可以作為潛在的診斷標(biāo)志物。

隨著發(fā)布的癌癥和正常樣本的測(cè)序數(shù)據(jù)集顯著增加,癌癥特異性 circRNA 的更新資源是必要的。近日,武漢大學(xué)團(tuán)隊(duì)構(gòu)建了一個(gè)新的腫瘤相關(guān)circRNA數(shù)據(jù)庫(kù)——CSCD2,該數(shù)據(jù)庫(kù)相關(guān)文章刊登在Nucleic Acids Research期刊(IF=16.971),題名為CSCD2: an integrated interactional database of cancer-specific circular RNAs。網(wǎng)址為http://geneyun.net/CSCD2/。

CSCD2中,收集了超過(guò)1000個(gè)樣本,識(shí)別出的circRNA比之前的CSCD 數(shù)據(jù)庫(kù)多100萬(wàn)以上。此外,還為用戶提供了一個(gè)交互式界面,可以根據(jù)新結(jié)果中的潛在相互作用來(lái)查看circRNA-miRNAcircRNA-RBP相互作用。每個(gè)circRNA的全長(zhǎng)和開(kāi)放閱讀框 (ORF) 序列也是根據(jù)其父序列預(yù)測(cè)的,這對(duì)于circRNA功能研究很重要??偟膩?lái)說(shuō),CSCD2 是具有增強(qiáng)功能模塊的癌癥特異性 circRNA 的綜合資源,可顯著促進(jìn)癌癥中的 circRNA 研究。



CSCD2 包括三個(gè)用戶Web 界面。在 circRNA 界面中,用戶可以通過(guò)選擇樣本類型、樣本名稱和基因符號(hào)來(lái)瀏覽circRNAs,并可以通過(guò)circRNA ID 進(jìn)行搜索,搜索框中代表每個(gè)circRNA或基因符號(hào)的供體和受體位點(diǎn)。所有信息,包括 circRNA ID、父基因符號(hào)、UCSC 基因組瀏覽器鏈接、每個(gè) circRNA 的樣本類型,都顯示在表格中。還提供過(guò)濾和排序功能,供用戶按讀取計(jì)數(shù)、算法數(shù)、基因組區(qū)域過(guò)濾表格并按列排序?;蚍?hào)鏈接到右上角的面板,其中包含不同樣本中的所有 circRNA。circRNA ID 鏈接到右下圖,其中包含特定樣本中的 circRNA。在右上角的面板中,用戶可以在概覽選項(xiàng)卡中查看 circRNA 及其線性親本基因。線性基因結(jié)構(gòu)顯示為外顯子的不同顏色的矩形,內(nèi)含子的黑線和 circRNA 的彩色曲線。circRNA 曲線鏈接到右下圖中的特定 circRNA。用戶可以在彩色圓圈中查看由外顯子組成的選定 circRNA。每個(gè)帶有數(shù)字 ID 的弧線描繪了一個(gè)外顯子,而內(nèi)含子則以黑線顯示。用戶還可以查看位于circRNA中的MRE(紅色三角形)、RBP(藍(lán)色矩形)和ORF(綠色?。┰氐臄?shù)量和位置,并通過(guò)circRNA、MRERBP ORF 選項(xiàng)卡,分別。點(diǎn)擊表格中的 miRNA RBP 名稱可以跳轉(zhuǎn)到 miRNA RBP 頁(yè)面,并允許用戶查看該 miRNA RBP 結(jié)合的所有 circRNA。

microRNA 面板中,用戶可以通過(guò)選擇樣本類型或選擇/輸入 microRNA ID來(lái)瀏覽 microRNA。顯示所有信息,包括circRNA ID、microRNA ID、MSA startSeed start)、MSA endSeed end)、位點(diǎn)類型、score、能量、align startmiRNA start)、align endmiRNA end)和算法在表中。用戶可以選擇多個(gè) miRNA,點(diǎn)擊“Search”按鈕,即可獲取多個(gè) miRNA 結(jié)合的所有 circRNA。CircRNA ID 將右側(cè)面板與特定樣本中的 circRNA 鏈接起來(lái)。右上方的面板以彩色圓圈顯示由外顯子組成的選定 circRNA。用戶還可以查看位于circRNA中的MRE(紅色三角形)、RBP(藍(lán)色矩形)和ORF(綠色弧線)的數(shù)量和位置,并分別通過(guò)circRNAMRE、RBPORF選項(xiàng)卡查看詳細(xì)信息。在右下方的面板中,用戶可以查看所選microRNA在不同癌癥中的表達(dá)狀態(tài)。詳細(xì)信息列在 TCGA microRNA 表達(dá)選項(xiàng)卡中。

RBP 面板中,用戶可以通過(guò)選擇樣本類型或選擇/輸入 RBP 基因符號(hào)來(lái)瀏覽 RBP。所有信息,包括 circRNA IDRBP 的基因組坐標(biāo)(染色體、開(kāi)始和結(jié)束)和 RBP 基因符號(hào),都顯示在表格中。用戶還可以選擇多個(gè) RBP 并單擊“搜索”按鈕以獲取這些選定 RBP circRNA 結(jié)合。circRNA ID 鏈接到右上方面板,其中包含特定樣本中的 circRNA。在右上角的面板中,用戶可以在彩色圓圈中查看由外顯子組成的選定 circRNA。用戶還可以查看位于circRNA中的MRE(紅色三角形)、RBP(藍(lán)色矩形)和ORF(綠色弧線)的數(shù)量和位置,并分別通過(guò)circRNA、MRE、RBPORF選項(xiàng)卡查看詳細(xì)信息。在右下方的面板中,用戶可以查看所選 RBP 在不同癌癥中的表達(dá)狀態(tài)。詳細(xì)信息列在 HPA ORF 選項(xiàng)卡中。每個(gè) RBP 顯示四種 IHC 染色程度(高、中、低和未檢測(cè)到)。包括癌癥或正常富集的 circRNA、交互式 microRNA RBP 在內(nèi)的所有文件都可以通過(guò)下載頁(yè)面下載。