CSCD2：癌癥特異性環(huán)狀 RNA 的綜合交互數(shù)據(jù)庫

環(huán)狀RNA（circRNA）是一種重要的共價閉合RNA，已在許多物種中通過高通量測序大量發(fā)現(xiàn)。circRNA 由線性基因的反向剪接產生，充當 microRNA和RNA 結合蛋白的海綿，也可以翻譯成小肽。先前的工作表明，circRNA 在人類疾病中發(fā)揮著重要作用，尤其是在癌癥中。數(shù)百個circRNA參與人類上皮-間質轉化 (EMT)，而不完美RNA雙鏈體的內源性circRNA可以通過作為雙鏈 RNA (dsRNA) 活化蛋白激酶(PKR)的抑制劑來調節(jié)先天免疫。由于它們對核酸外切酶的抗性和較長的半衰期，circRNA 也可以作為潛在的診斷標志物。

隨著發(fā)布的癌癥和正常樣本的測序數(shù)據(jù)集顯著增加，癌癥特異性 circRNA 的更新資源是必要的。近日，武漢大學團隊構建了一個新的腫瘤相關circRNA數(shù)據(jù)庫——CSCD2，該數(shù)據(jù)庫相關文章刊登在Nucleic Acids Research期刊（IF=16.971），題名為CSCD2: an integrated interactional database of cancer-specific circular RNAs。網(wǎng)址為http://geneyun.net/CSCD2/。

在CSCD2中，收集了超過1000個樣本，識別出的circRNA比之前的CSCD 數(shù)據(jù)庫多100萬以上。此外，還為用戶提供了一個交互式界面，可以根據(jù)新結果中的潛在相互作用來查看circRNA-miRNA或circRNA-RBP相互作用。每個circRNA的全長和開放閱讀框 (ORF) 序列也是根據(jù)其父序列預測的，這對于circRNA功能研究很重要?？偟膩碚f，CSCD2 是具有增強功能模塊的癌癥特異性 circRNA 的綜合資源，可顯著促進癌癥中的 circRNA 研究。

CSCD2 包括三個用戶Web 界面。在 circRNA 界面中，用戶可以通過選擇樣本類型、樣本名稱和基因符號來瀏覽circRNAs，并可以通過circRNA ID 進行搜索，搜索框中代表每個circRNA或基因符號的供體和受體位點。所有信息，包括 circRNA ID、父基因符號、UCSC 基因組瀏覽器鏈接、每個 circRNA 的樣本類型，都顯示在表格中。還提供過濾和排序功能，供用戶按讀取計數(shù)、算法數(shù)、基因組區(qū)域過濾表格并按列排序。基因符號鏈接到右上角的面板，其中包含不同樣本中的所有 circRNA。circRNA ID 鏈接到右下圖，其中包含特定樣本中的 circRNA。在右上角的面板中，用戶可以在概覽選項卡中查看 circRNA 及其線性親本基因。線性基因結構顯示為外顯子的不同顏色的矩形，內含子的黑線和 circRNA 的彩色曲線。circRNA 曲線鏈接到右下圖中的特定 circRNA。用戶可以在彩色圓圈中查看由外顯子組成的選定 circRNA。每個帶有數(shù)字 ID 的弧線描繪了一個外顯子，而內含子則以黑線顯示。用戶還可以查看位于circRNA中的MRE（紅色三角形）、RBP（藍色矩形）和ORF（綠色?。┰氐臄?shù)量和位置，并通過circRNA、MRE、RBP 和 ORF 選項卡，分別。點擊表格中的 miRNA 或 RBP 名稱可以跳轉到 miRNA 或 RBP 頁面，并允許用戶查看該 miRNA 或 RBP 結合的所有 circRNA。

在 microRNA 面板中，用戶可以通過選擇樣本類型或選擇/輸入 microRNA ID來瀏覽 microRNA。顯示所有信息，包括circRNA ID、microRNA ID、MSA start（Seed start）、MSA end（Seed end）、位點類型、score、能量、align start（miRNA start）、align end（miRNA end）和算法在表中。用戶可以選擇多個 miRNA，點擊“Search”按鈕，即可獲取多個 miRNA 結合的所有 circRNA。CircRNA ID 將右側面板與特定樣本中的 circRNA 鏈接起來。右上方的面板以彩色圓圈顯示由外顯子組成的選定 circRNA。用戶還可以查看位于circRNA中的MRE（紅色三角形）、RBP（藍色矩形）和ORF（綠色弧線）的數(shù)量和位置，并分別通過circRNA、MRE、RBP和ORF選項卡查看詳細信息。在右下方的面板中，用戶可以查看所選microRNA在不同癌癥中的表達狀態(tài)。詳細信息列在 TCGA microRNA 表達選項卡中。

在 RBP 面板中，用戶可以通過選擇樣本類型或選擇/輸入 RBP 基因符號來瀏覽 RBP。所有信息，包括 circRNA ID、RBP 的基因組坐標（染色體、開始和結束）和 RBP 基因符號，都顯示在表格中。用戶還可以選擇多個 RBP 并單擊“搜索”按鈕以獲取這些選定 RBP 的 circRNA 結合。circRNA ID 鏈接到右上方面板，其中包含特定樣本中的 circRNA。在右上角的面板中，用戶可以在彩色圓圈中查看由外顯子組成的選定 circRNA。用戶還可以查看位于circRNA中的MRE（紅色三角形）、RBP（藍色矩形）和ORF（綠色弧線）的數(shù)量和位置，并分別通過circRNA、MRE、RBP和ORF選項卡查看詳細信息。在右下方的面板中，用戶可以查看所選 RBP 在不同癌癥中的表達狀態(tài)。詳細信息列在 HPA 和 ORF 選項卡中。每個 RBP 顯示四種 IHC 染色程度（高、中、低和未檢測到）。包括癌癥或正常富集的 circRNA、交互式 microRNA 和 RBP 在內的所有文件都可以通過下載頁面下載。